Doktorandplats inom djupinlärningsmodeller av cancer

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Vårt labb bidrar till utvecklingen av precisionsmedicin genom djupinlärningsmodeller av cancerceller. Modellerna tränas på högkapacitetsscreeningsdata (high-throughput datasets), inklusive metabolomik, proteomik och transkriptomik, och är villkorade för att överensstämma med de molekylära nätverken inom celler. Detta gör att vi kan identifiera mekanismer på systemnivå i cancer för förbättrad behandlingseffektivitet, genom nya läkemedelsmål, biomarkörer och resistensmekanismer. Vårt långsiktiga mål är att etablera datorstödd design av precisionsmedicin.  Vi är baserade på Science for Life Laboratory (SciLifeLab) och denna tjänst är en del av Data Driven Life Science-programmet (DDLS). Biträdande professor Avlant Nilsson, en ny DDLS-fellow med bakgrund från Massachusetts Institute of Technology och Chalmers tekniska högskola, kommer att vara huvudhandledare för denna tjänst. Professor Rickard Sandberg vid Institutionen för cell- och molekylärbiologi är utsedd till biträdande handledare.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Precisionsmedicin går ut på att skräddarsy behandlingar för varje unikt cancerfall, med hänsyn tagen till faktorer, så som i vilken vävnad cancer utvecklades, mutationsprofil och tumörens mikro-miljö. En utmaning är att komplexiteten hos cellulära processer begränsar vår förmåga att fastställa orsakssamband mellan molekylära förändringar och sjukdomsfenotyper. I detta doktorandprojekt kommer du arbeta med den problematiken genom att utveckla en djupinlärningsmodell av cancer.

Doktorandtjänsten fokuserar på att förutsäga celltypsspecifika reaktioner på genetiska förändringar, identifiera transkriptionella signaturer som indikerar behandlingskänslighet samt att förutsäga effekterna av celltypssammansättningen i tumörens mikro-miljö. I den dynamiska forskningsmiljön på SciLifeLab kommer du att ha tillgång till toppmodern datorteknisk infrastruktur och mentorskap från erfarna forskare. Detta projekt kan ha betydande implikationer för precisionsmedicin och bidra till framsteg inom individanpassad cancerterapi.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Nödvändiga kvalifikationer:

• Starka programmeringskunskaper i språk så som Python.
• Högmotiverad med förmågan att arbeta både självständigt och i team.
• Goda kunskaper i skriftlig och muntlig engelska.

Andra önskvärda kvalifikationer:

• God kännedom om cancer och cellbiologi.
• Erfarenhet av analys av data från högkapacitetsscreening.
• Dokumenterad förmåga att bedriva självständig forskning och effektivt kommunicera resultat.
• Erfarenhet av djupinlärningsmodeller och automatisk differentiering.
• Erfarenhet av GitHub eller andra versionskontrollsystem.

Vårt labb värderar mångfald och inkludering, och vi är engagerade i att främja en miljö där alla individer känner sig bemyndigade att bidra med sina unika perspektiv och färdigheter i strävan mot vårt gemensamma mål, att främja precisionsmedicin mot cancer.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla]

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Information om DDLS-programmet: https://www.scilifelab.se/data-driven och en intervju med Avlant angående DDLS: https://www.scilifelab.se/news/new-ddls-fellow-avlant-nilsson

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet