Doktorandplats inom kvantitativ superupplöst mikroskopi för podocytmekanobiologi och precisionsdiagnostik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Projektet är placerat vid Institutionen för kvinnors och barns hälsa (KBH), Karolinska Institutet, med daglig bas vid SciLifeLab Campus Solna (Stockholm) och tillgång till toppmodern infrastruktur för mikroskopi och dataanalys. Handledningsteamet kombinerar expertis inom superupplöst avbildning, vävnadsberedning och kvantitativ bildanalys (David Unnersjö-Jess och Hjalmar Brismar, KI/KTH/SciLifeLab) med ledande klinisk nefrologi och podocytbiologi genom professor Thomas Benzings grupp (NephroLab, University of Cologne) – ett forskningslaboratorium inom Avdelning II för Internmedicin vid Universitetssjukhuset i Köln, knutet till CECAD Research Institute och Center for Molecular Medicine Cologne. Projektet är starkt kopplat till det nyetablerade Collaborative Research Centre/Transregio TRR422 (“PodoSigN – Podocyte Signaling Networks: From Basic Concepts to Disease Understanding”), ett av den tyska forskningsstiftelsen (DFG) finansierat nätverk mellan universiteten i Köln, Münster och Hamburg med fokus på de molekylära reglerprocesserna i podocyter i njurfiltret. Denna koppling ger tillgång till forskningsinfrastruktur vid Kölns Universitet, särskilt inom CECAD, Kölns excellence-kluster som är inriktat på att förstå de molekylära och cellulära mekanismer som ligger bakom åldrande och driver åldersrelaterade sjukdomar. Doktoranden kommer att antas och huvudsakligen vara baserad vid KBH, Karolinska Institutet, men projektet inkluderar forskningsbesök i Köln samt veckovisa vetenskapliga avstämningar med Thomas Benzings forskargrupp.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Vid många glomerulära njursjukdomar föregås funktionsnedsättning av subtila förändringar på nanoskala i den glomerulära filtrationsbarriären. Detta doktorandprojekt utvecklar reproducerbara mikroskopi- och bildanalysflöden som omvandlar superupplöst mikroskopiavbildning till kvantitativa mått för mekanobiologi och precisionsdiagnostik. Arbetet omfattar: (1) standardiserad strukturell avbildning av podocytarkitektur i musmodeller och arkiverade humanbiopsier med konfokal/STED samt vävnadsexpansion/clearing, (2) molekylär kartläggning av den molekylära organisationen i podocyter (MINFLUX eller jämförbara metoder), och (3) integration med mekanobiologiska readouts (t.ex. ERISM eller alternativa kraft-/styvhetsassay) för att koppla mekanisk påverkan till strukturer på nanoskalan. Doktoranden kommer att planera och genomföra experiment, samla in och kurera bilddata, utveckla automatiserad segmentering och kvantitativ analys (inkl. self-supervised/unsupervised representation learning) samt sprida resultaten via publikationer och konferenser i nära samarbete med grupper i Stockholm och Köln.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Krav:

• Masterexamen (eller motsvarande) inom biomedicin, bioengineering/teknik, fysik, datavetenskap eller närliggande område.
• Dokumenterat intresse för mikroskopi och/eller kvantitativ bildanalys.
• Förmåga att arbeta självständigt och i team i en tvärvetenskaplig miljö.
• Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.

Meriterande:

• Erfarenhet av fluorescensmikroskopi (konfokal, superupplöst såsom STED/SIM/MINFLUX) och/eller provberedning (immunmärkning, tissue clearing/expansion).
• Programmering för dataanalys (t.ex. Python, MATLAB) och erfarenhet av maskininlärning/deep learning.
• Bakgrund inom njurbiologi, cellbiologi eller mekanobiologi.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Institutionen för kvinnors och barns hälsa

SciLifeLab

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet