Undersökning av lång icke-kodande RNA-funktion i humana adipocyter

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Adipocyten uttrycker över 4000 långa icke-kodande RNA (lncRNA), varav många är unikt uttryckta i fettceller. Hur dessa polymera molekyler fungerar i samspel med cellens metabola maskineri är emellertid inte väl förstått. I vårt laboratorium undersöker vi hur lncRNA anpassar adipocyten för specialiserad funktion, specifikt i sammanhanget av lipiddroppsmetabolism. Vår undersökning fokuserar på lncRNA som kan ligga till grund för nedsatt metabol flexibilitet och bidra till patogenesen för kardiometabolisk sjukdom.

Vi integrerar resultat från välkaraktäriserade biopsier av humant vitt fettvävnad (WAT) och stora populationsgenetikstudier för att identifiera lncRNA som är involverade i lipidmetabolism och kardiometabolisk sjukdom. De sjukdomsassocierade lncRNA:erna undersöks i humana adipocyter cellmodeller och med hjälp av CRISPRi/a gengestörningar kopplade till lipidomik/metabolomik strävar vi efter att förstå effekten av lncRNA-uttrycket på adipocyters metabolism. Dessutom använder vi genvarianter för redigering i humana adipocyter för att förstå hur enstaka nukleotidpolymorfismer som är belägna i lncRNA-genlokus leder till förändringar i lipiddroppsmetabolismen.

Långa icke-kodande RNA i fettceller – Alastair Kerr forskningsgrupp

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Detta doktorandprojekt kommer att undersöka rollen hos hundratals lncRNA samtidigt för att fastställa vilka lncRNA som påverkar adipocytens funktion och därigenom identifiera nya sätt att rikta in sig på dessa metaboliskt viktiga celler. För att öka antalet lncRNA som kan studeras funktionellt samtidigt kommer doktoranden att utveckla toppmoderna genetiskt modifierade humana adipocytcellsystem som möjliggör exakt tidsstyrd perturbation av utvalda lncRNA. Genom att kombinera avancerad bildanalys och transkriptomiska metoder strävar vi efter att systematiskt undersöka alla adipocyt-lncRNA som är associerade med fetma. De lncRNA som visar sig påverka adipocytens funktion kommer att föras vidare till detaljerade molekylära studier, där doktoranden kommer att använda bildteknik och internt utvecklad pulldown-metodik för att klarlägga hur dessa lncRNA fungerar på molekylär nivå. Särskild vikt kommer att läggas vid att karakterisera strukturen hos dessa lncRNA för att identifiera de funktionella aptamerer som är nödvändiga för att reglera den specifika adipocytfunktionen. Doktoranden kommer att utbildas i både beräkningsbaserade och molekylärbiologiska analyser för att identifiera kandidat-lncRNA och utveckla ett undersökningsflöde för att förstå deras funktion. Studenten kommer även att delta i kunskapsutbyte med nuvarande laboratoriemedlemmar samt bidra till utbildningen av framtida medarbetare som rekryteras till gruppen.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Krav

Den utvalda kandidaten ska ha avlagt en masterexamen i bioteknik/biomedicin/molekylärbiologi eller annat närliggande ämne samt ha genomfört ett examensarbete inom molekylär eller cellulär biologi.

Erfarenhet av att använda CRISPR-baserade system för genmodifiering, endogen märkning av proteiner med hjälp av virala eller icke-virala system eller andra likvärdiga molekylärbiologiska tekniker.

God kunskap om omics-metodik och bioinformatiska analyser, inklusive RNA-sekvensering med korta och långa läsningar (short-/long-read).

Mycket god förmåga att kommunicera och dokumentera forskningsresultat så att de kan förklaras och reproduceras.

Förmåga att arbeta självständigt.

Särskilt meriterande

Erfarenhet av konfokalmikroskopi och high-content imaging.

Bildanalys för identifiering av cellulära strukturer och egenskaper.

God kunskap om lncRNA-biologi.

Förmåga att visualisera komplexa data med hjälp av R, Python eller liknande program och verktyg.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett curriculum vitae (CV)
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Ett personligt brev som beskriver ditt examensarbete eller nuvarande laboratorieprojekt samt vilken roll du haft i experimenten. Det personliga brevet ska vara skrivet med fokus på de krav och särskilt meriterande färdigheter samt personliga egenskaper som anges ovan.
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet