Doktorandplats inom spatial transkriptomik, bioinformatik och mukosal immunologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

En doktorandplats finns tillgänglig i Villablancalabbet, i skärningspunkten mellan immunologi, mukosal immunologi och spatial transcriptomik, med målet att förstå den spatiala organisationen av inflammation och läkning i tarmen. Det övergripande målet för labbet är att definiera de komplexa dynamikerna i värd–miljö-interaktioner som krävs för att upprätthålla intestinal homeostas, hur störningar i dessa interaktioner kan leda till inflammatoriska tarmsjukdomar, och hur vi kan främja mukosal läkning som kan reversera den tarmskada som orsakas av inflammation.

För att uppnå dessa mål har vi byggt ett tvärvetenskapligt forskningsprogram som kombinerar utveckling av nya experimentella modeller för IBD (zebrafisk och mus), traditionella molekylära och cellulära metoder (t.ex. ex vivo-immuncell–intestinal-organoid-samsodling), toppmoderna teknologier (scRNA-seq och spatial transcriptomik), systembiologi och användning av kliniska prover. Utöver labbets huvudfokus har gruppen nationella och internationella samarbeten inom värd–mikrob-interaktioner och andra spatiala teknologier såsom proteomik och metabolomik.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Villablanca labbet är internationellt ledande inom mukosal och intestinal immunologi och använder singelcells- och spatiala teknologier för att öka förståelsen av inflammation och vävnadsregeneration. Kandidaten kommer att bidra till forskning i framkant genom att rumsligt kartlägga mekanismerna bakom mukosal läkning vid ulcerös kolit och i inflammationsmodeller.

PhD-projektet syftar till att bygga omfattande funktionella atlaser över intestinal läkning vid UC genom att integrera spatial transcriptomik, spatial proteomik och spatial metabolomik i både musmodeller och mänsklig vävnad. Genom multimodal spatial systemimmunologi kommer doktoranden att identifiera nyckelregulatorer av mukosal regeneration, kartlägga bevarade och artspecifika läkningsmekanismer, samt lägga grunden för framtida regenerativa terapier.

Kandidaten förväntas lära sig att utveckla forskningsfrågor och hypoteser, planera experiment, analysera data, ta kurser, skriva vetenskapliga manuskript, kommunicera vetenskap med deras medarbetare och allmänheten, samt att engagera sig inom den vetenskapliga miljön.

Den sökande kommer att arbeta nära andra doktorander, postdoktorer och forskare. Sökanden förväntas aktivt utföra analyser av spatial transcriptomik och andra spatiala och singelcellsbaserade omikmetoder samt presentera resultat för både bred och specialiserad publik.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vårt labb söker en mycket kreativ och motiverad doktorand. Vi söker en kandidat med dokumenterad erfarenhet och kompetens inom intestinal immunologi, spatial transcriptomik, singelcells-RNA-sekvensering och bioinformatik samt Python, R och bash (av stor vikt). Kandidaten ska ha en masterexamen i bioinformatik eller beräkningsbiologi.

Kandidaten ska ha tidigare erfarenhet av att analysera singelcells- och spatiala transcriptomikdata i kontexten ulcerös kolit och inflammatoriska tarmsjukdomar. Kandidaten förväntas arbeta med pre-kliniska och kliniska data samt vara bekant med murina modeller för kolit och kolorektal cancer. Erfarenhet av masspektrometri är meriterande.

Vi ser även gärna att kandidaten har erfarenhet av reproducerbar forskning, särskilt kring etablering av beräkningsarbetsflöden.

Arbetet kräver både självständighet och omfattande samarbete med andra experimentella grupper. Mycket goda kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt, är nödvändiga. Dokumenterad förmåga att analysera data samt presentera resultat muntligt och skriftligt är viktig.

Sökanden förväntas vara engagerad, självständig, nyfiken och en lagspelare.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla] ---

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

https://ki.se/personer/eduardo-villablanca

https://ki.se/forskning/forskningsomraden-centrum-och-natverk/forskargrupper/immuncellhomoestas-i-tarmbarriaren-forskargrupp-eduardo-villablanca

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet