Doktorandplats inom evolutionär selektion av DNA-strukturer för detektion och hämning av patogener

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. MTC har cirka 40 forskargrupper och våra nyckelord är multidisciplinära, överbryggande, nationella och internationella samarbeten. 

Forskarteamet

Vi söker en doktorand till Erik Bensons forskarteam (en del av Birgitta Henriques Normarks forskargrupp) vid Scilifelab-campus Solna. Teamet fokuserar på att använda DNA-nanoteknologi för att utveckla bibliotek av DNA-strukturer med stor mångfald. Vi använder dessa strukturer för att genomföra selektionsexperiment i kombination med sekvensering för att hitta de strukturer som har de bästa egenskaperna. Målet är att utveckla alternativ till antikroppar och att förstå vilka faktorer som styr den specifika cellupptaget av DNA. Som medlem i teamet blir du en del av Scilifelab-gemenskapen och enheten för mikrobiologi-bakteriologi vid Karolinska Institutet.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Antikroppar är oumbärliga inom modern forskning, diagnostik och terapi, men de har utmaningar med variationer mellan olika tillverkningssatser och långsam utveckling mot nya patogener. Aptamerer, som är uppbyggda av DNA eller RNA, erbjuder ett alternativ med snabb syntes och möjlighet till kemisk modifiering, även om de generellt binder svagare än antikroppar. Deras bindningsstyrka kan dock kraftigt förstärkas genom aviditet när flera aptamerer kopplas samman för att passa målstrukturer på patogenen. Vi har utvecklat ett system för evolutionär selektion av DNA-strukturer som organiserar flera aptamerer för att identifiera multivalenta aptamerer. I det här forskningsprojektet kommer doktoranden att arbeta med att designa bibliotek av DNA-nanostrukturer och genomföra selektion mot patogena mål av både viralt och bakteriellt ursprung. Urvalet kommer att övervakas med högkapacitetssekvensering i kombination med skräddarsydd bioinformatik och verktyg för högkapacitetsstrukturprediktion. Lovande kandidatstrukturer kommer därefter att produceras individuellt och analyseras för sin bindning till målet med SPR samt integreras i prototypiska diagnostiska tester. Kandidatstrukturer med goda resultat kommer även att undersökas för sin förmåga att hämma sina patogenmål.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

• Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument: Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi söker en kreativ och självgående kandidat som är intresserad av att utveckla nya metoder inom livsvetenskap. Kandidaten bör vara bekväm med att arbeta både i ett laboratorium och använda beräkningsverktyg för att analysera data och dra slutsatser. Du bör vara välorganiserad, ha utmärkta kommunikationsfärdigheter och kunna arbeta effektivt inom ett tvärvetenskapligt team.

Utöver ovan nämnda krav för rollen:

• Magisterexamen i biomedicin, bioteknologi, bioinformatik, bioingenjörskap, fysik, kemiteknik eller ett närliggande område (eller motsvarande vid anställningens början).
• Erfarenhet av arbete i ett biokemiskt våtlabb.
• Erfarenhet av DNA-sekvensering och analys av sekvenseringsdata.
• Goda kunskaper i engelska (både i tal och skrift).
• Starka sociala färdigheter och goda referenser från tidigare forskningsmiljöer.

Meriterande för rollen:

• Erfarenhet av affinitetsprofilering av bindare.
• Erfarenhet av design av DNA-sekvenser.
• Erfarenhet av inhiberingsanalyser.
• Kompetens inom datorbaserad analys (helst Python).

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

• Ett personligt brev och curriculum vitae
• Eventuella examensarbeten och publikationer
• Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
• Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
• Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

• Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
• Analytisk skicklighet
• Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

https://bensonlab.se/

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet