Doktorandplats inom Beräkningsbiologi för cancerforskning

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Doktoranden kommer att ansluta sig till forskargruppen ledd av docent Susanne Schlisio vid Institutionen för onkologi-patologi, Karolinska Institutet, belägen i Bioclinicum, Solna. Schlisios laboratorium undersöker de molekylära och cellulära mekanismerna bakom tumörinitiering, progression och terapiresistens i sympato-adrenala cancerformer, såsom neuroblastom och paragangliom.

Forskargruppen använder tekniker som enkelcells- och spatial transkriptomik, linjetracking och genetiskt modifierade musmodeller för att kartlägga tumörplasticitet, cellinjer och cancerutvecklingens ursprung. Ett viktigt mål är att översätta grundläggande upptäckter till nya koncept för precisionsonkologi och patientstratifiering.

Laboratoriet finansieras av prestigefyllda nationella och internationella anslag, inklusive ett ERC Synergy Grant, och är en del av ett aktivt nätverk av samarbeten med SciLifeLab och Svenska barncancertumörbiobanken. Institutionen för onkologi-patologi erbjuder en inspirerande och samarbetsinriktad miljö med starka kopplingar till translationell cancerforskning och kliniska tillämpningar vid Karolinska Universitetssjukhuset.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Doktoranden kommer att arbeta med projektet "Att rikta in sig på malignitet i neuroblastom och paragangliom som drivs av cellplasticitet med hjälp av spatial transkriptomik och maskininlärning."

Högriskneuroblastom (NB) och malignt paragangliom (PPGL) är tumörer som härstammar från neurallisten och kännetecknas av uttalad heterogenitet och terapiresistens. Projektet syftar till att klargöra hur tumörcellernas plasticitet och signaler från mikromiljön driver malignitet, progression och behandlingsmisslyckanden. Genom att kombinera spatial transkriptomik (Visium HD, Xenium), enkelcells-RNA-sekvensering och beräkningsmodellering kommer doktoranden att kartlägga tumörcellstillstånd, cellinjehierarkier och differentieringsbanor. Insikter från dessa analyser kommer att ligga till grund för funktionell validering med hjälp av in vitro-assays och genetiskt modifierade musmodeller för att identifiera signalvägar som främjar differentiering och minskar aggressivitet.

Doktoranden kommer att:

• Generera och analysera spatial och enkelcells-transkriptomikdata från mänskliga NB- och PPGL-tumörer.
• Integrera utvecklingsreferensdata för att rekonstruera differentieringsbanor.
• Använda grafbaserade och maskininlärningsverktyg för att modellera signalnätverk som driver plasticitet.
• Validera kandidatvägar i cellkultur och musmodeller.
• Presentera forskningsresultat vid seminarier och konferenser samt bidra till vetenskapliga publikationer.

Doktoranden kommer att få omfattande utbildning i beräkningsmetoder, delta i doktorandkurser vid Karolinska Institutet och engagera sig i internationella samarbeten genom det ERC-Synergy-finansierade forskningsnätverket samt Karolinska Neuroblastoma and Paraganglioma Network. Målet är att utveckla doktoranden till en självständig forskare i framkant inom cancerplasticitet, enkelcellsbiologi och precisionsonkologi.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Obligatoriska krav:

• Masterexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi, datavetenskap, teknik eller annat kvantitativt relevant område.
• Goda programmeringskunskaper i R och/eller Python.
• Tidigare erfarenhet av dataanalys, statistik eller maskininlärning.
• Erfarenhet av RNA-sekvensanalys, datavisualisering och beräkningsarbetsflöden.
• Stark motivation att tillämpa beräkningsmetoder på biologiska och medicinska frågeställningar.
• Förmåga att arbeta självständigt och samarbeta effektivt i ett tvärvetenskapligt team.

Meriterande kvalifikationer:

• Erfarenhet av enkelcells- eller spatial transkriptomik, grafbaserad modellering eller djupinlärning.
• Vana vid Linux/Unix-miljöer, versionshanteringssystem (Git) och högpresterande datormiljöer.
• Grundläggande kunskaper i molekylärbiologi eller cancerbiologi (ej ett krav).

Personliga egenskaper

• Nyfiken, analytisk och kreativ person som tycker om att lösa komplexa datadrivna problem.
• Strukturerad, kommunikativ och villig att lära sig nya metoder.
• Aktivt bidragande till en samarbetsinriktad och internationell forskningsmiljö med fokus på cancerplasticitet och precisionsonkologi.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Ansök senast 10 december.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet