PhD position in immunology, using single-cell genomics, in the Reinius lab at Karolinska Institutet.

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Forskargruppen ledd av Björn Reinius är en del av Enheten för biomaterial vid Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik, belägen i det nybyggda Biomedicum på Karolinska Institutets campus i Solna, Stockholm, Sverige.

Gruppen använder en tvärvetenskaplig strategi som integrerar metodutveckling för RNA/DNA-sekvensering (särskilt på enstaka cellnivå), bioinformatik, molekylärbiologi, cellodling och djurforskningsmodeller för att kartlägga och förstå mekanismerna bakom genreglering hos däggdjur. Ett särskilt fokus ligger på doskompensation av könskromosomer.

Under de senaste åren har Reinius och kollegor varit pionjärer inom användningen av single-cell RNA-sekvensering för att studera X-kromosomreglering (Science 2014, Nature Genetics 2016, Cell 2016, Nature Structural and Molecular Biology 2019, Nature Communications 2020, m.fl.; se labbets hemsida). Reinius-laboratoriet är välutrustat för att bedriva forskning i framkant, med tillgång till cell- och djurmodeller, molekylärbiologiska resurser och utrustning, högkapacitetssekvenseringsmaskiner samt beräkningsresurser för avancerade analyser (en dedikerad beräkningsserver finns tillgänglig i laboratoriet).

Gruppen utvecklar även teknologiska lösningar med direkt klinisk och praktisk tillämpning, såsom en RNA-extraktionsfri metod för Covid-19-diagnostik som användes i över 3,5 miljoner kliniska tester i Sverige, samt grundandet av KI-spin-off-företaget SEQURNA AB, som levererar forskningsreagenser globalt. Biomedicum erbjuder en dynamisk och internationell forskningsmiljö med tillgång till core facilities, föreläsningar av världsledande forskare och förstklassiga seminarieserier. Björn Reinius är även föreståndare för Enheten för medicinsk systembioingenjörsvetenskap.

Ansökningar välkomnas till en doktorandtjänst i Björn Reinius forskargrupp, finansierad av Karolinska Institutet och Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Anställningen är tidsbegränsad till fyra år och beräknas starta i slutet av 2025.

Vid frågor, vänligen kontakta: bjorn.reinius@ki.se

Doktoranden kommer att handledas i samarbete med Christoph Ziegenhain (KI), Nils Landegren (Uppsala universitet) och Marie Wahren-Herlenius (KI).

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Funktionell analys av grundläggande drivkrafter bakom immunologiska könsskillnader

Bakgrund och övergripande mål: Autoimmuna sjukdomar drabbar cirka 5 % av befolkningen och medför hög sjuklighet och ökad dödlighet. Kvinnor löper en betydligt högre risk att utveckla autoimmun sjukdom, med de mest extrema skillnaderna vid systemiska tillstånd såsom SLE och Sjögrens syndrom, där mer än 90 % av patienterna är kvinnor. Könshormoner, X-kromosomdosering och könsdimorf reglering av autosomala gener bidrar till denna snedfördelning, men den molekylära grunden för könsskillnader i immunsystemets reglering är ännu långt ifrån fullständigt förstådd.

Ett djupare kunnande om de faktorer som styr immunologiska könsskillnader, och hur dessa faktorer leder till autoimmun sjukdom, är därför starkt motiverat. I grunden härstammar biologiska könsskillnader från individens könskromosomuppsättning (XX/XY). De flesta dimorfier orsakas dock inte direkt av X- eller Y-kromosomgener, utan uppstår genom aktiverande effekter av gonadala steroidhormoner under pubertet och vuxen ålder, huvudsakligen utsöndrade från reproduktionsorganen. För att särskilja de genetiska respektive hormonella bidragen till könsberoende immunreglering kommer doktoranden att utnyttja unika humana kohorter av kvinnor och män som genomgår könsbekräftande hormonbehandling, samt prover från individer som är cellulärt mosaika för könskromosomuppsättningar.

Dessa studier är direkt relevanta för att förstå medicinskt viktiga könsskillnader, men är samtidigt begränsade till perifera delar av immunsystemet, eftersom invasiva ingrepp inte kan utföras på studiedeltagare. Lyckligtvis är de huvudsakliga mekanismerna för könsbestämning och könsdifferentiering evolutionärt bevarade bland de theriska däggdjuren – inklusive könskromosomstrukturen (XX/XY), könsbestämningsfaktorn Sry (på Y-kromosomen, som initierar testikelbildning) och de centrala hormonella kaskaderna som följer på gonadutvecklingen (Capel, Nat Rev Genet 2017). För att identifiera grundläggande könsskillnader i immunsystemet och de molekylära mekanismer som driver dem, kommer doktoranden att använda en mycket värdefull musmodell – "Four Core Genotype" (FCG) (De Vries, J Neurosci 2002), där effekterna av gonadalt kön och utsöndrade hormoner är separerade från individens könskromosomer.

Strategiska överväganden för doktorandprojektet: Forskningsplanen är utformad för att ge doktoranden en mångsidig forskarutbildning inom biomedicin, med arbete på både djur- och humansystem, exponering för avancerade tekniker samt en balanserad risknivå mellan olika delmål. Projektet utgör en del av ett större forskningsprogram som nyligen beviljats finansiering av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse (Wahren-Herlenius, Kämpe, Reinius, Landegren), vilket placerar doktoranden i ett starkt och samarbetsinriktat forskningssammanhang.

Delmål 1 kommer att utföras i Reinius-laboratoriet (MBB, KI – doktorandens heminstitution) i samarbete med Christoph Ziegenhain (MBB, KI), och

Delmål 2 i samarbete med Nils Landegren (Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi, Uppsala universitet) och Marie Wahren-Herlenius (Institutionen för medicin, KI).

Utbildningsmål och ansvarsområden: Den framgångsrika kandidaten kommer att erhålla både grundläggande och specialiserade kunskaper inom genreglering, kromatinbiologi, RNA-biologi, embryonalutveckling och stamcellsbiologi. Projektet innefattar tillämpning, fördjupning och vidareutveckling av både in silico- och experimentella laboratoriemetoder inom transkriptomik, nästa generations sekvensering och bioinformatik, vilka är gruppens kärnkompetenser.

Färdigheter som kommer att utvecklas inkluderar moderna molekylärbiologiska tekniker (med fokus på högkapacitetssekvensering och single-cell-omik), cellodling (särskilt av stamceller), djurförsök och bioinformatisk analys av RNA/DNA-sekvenseringsdata. Doktoranden förväntas ta en aktiv och självständig roll i projektdesign, planering, datainsamling, analys och tolkning.

Ytterligare ansvar omfattar samarbete i team, upprätthållande av höga vetenskapliga och etiska standarder, samt aktivt deltagande i en dynamisk, tvärvetenskaplig och internationell forskningsmiljö. Ett starkt engagemang för kontinuerlig professionell utveckling är en förutsättning.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi söker en entusiastisk och högmotiverad kandidat med examen inom genomik, bioinformatik, molekylärbiologi, biomedicin eller biokemi. Dokumenterad erfarenhet av RNA-biologi, genreglering, transkriptomomfattande studier, cell- eller vävnadskultur (däggdjur), djurförsök, bioinformatik samt programmering för statistisk analys är särskilt meriterande. Ett starkt intresse för tvärvetenskaplig metodutveckling och kreativt tänkande är avgörande.

Sökande som vill integrera beräkningsbiologiska och experimentella tillvägagångssätt uppmuntras särskilt att ansöka. Den ideala kandidaten är samarbetsinriktad, vetenskapligt nyfiken och självständig, samt bidrar med egna idéer till projektet. Tidigare erfarenhet av självständigt forskningsarbete och produktiva samarbeten i tvärvetenskapliga miljöer (t.ex. försteförfattar- eller medförfattarpublikationer) är meriterande.

Eftersom arbetet sker i en multidisciplinär miljö, krävs goda samarbets- och kommunikationsförmågor, inklusive mycket goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift. Då vissa experiment utförs på celler och vävnader från mus, måste den sökande vara villig att arbeta med djurförsök.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet