Doktorandstudier inom Proteogenomik i Hematologiska Cancersjukdomar

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Doktorandstudierna kommer att bedrivas inom forskargruppen för cancerproteomik och masspektrometri (MS) som leds av professor Janne Lehtiö. Gruppen är placerad vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab) i Solna, Stockholm.

Proteomik är ett forskningsfält som syftar till att studera proteiner på systemnivå genom samtidig analys av tusentals proteiner. Vi utvecklar MS-baserade metoder för djupgående analys av proteomet samt för funktionell proteomik, och tillämpar dessa metoder inom cancerforskning. Vårt mål är att förbättra individanpassad cancerbehandling genom ökad förståelse för cancerbiologi på proteomnivå. Detta möjliggör utveckling av nya terapeutiska strategier samt identifiering av biomarkörer med prediktivt, prognostiskt och diagnostiskt värde.

Vi är för närvarande engagerade i flera metodutvecklingsprojekt, inklusive djup proteomik (HiRIEF-LC-MS), proteogenomik, analys av posttranslationella modifieringar, samt proteomik på enstaka celler och låga cellantal. Inom cancerproteomik tillämpar vi våra metoder på kliniska prover och modellsystem med fokus på lung-, bröst- och hematologiska cancersjukdomar, såsom leukemier och lymfom.

För att komplettera MS-data har vi tillgång till ett brett utbud av toppmoderna omics- och högkapacitetsmetoder genom vår närhet till SciLifeLab:s faciliteter. I nära anslutning till forskargruppen erbjuder vi även MS-baserad proteomik till externa användare via våra core-faciliteter vid KI och SciLifeLab.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Vi söker en mycket motiverad och talangfull person till en doktorandtjänst inom proteomik- och proteogenomikmetoder, under ledning av Senior forskningsspecialist Rui Branca. Vårt fokus är att utveckla och tillämpa MS-baserade metoder för att förbättra analysen av det mänskliga proteomet. Vi har utvecklat en unik proteogenomikmetod (HiRIEF LC-MS), som möjliggör djup proteomprofilering (användbar för att kartlägga mekanismer för immunundvikande) samt detektion av kryptiska/icke-kanoniska proteiner som produceras av cancerrelaterade genomavvikelser (Branca RMM et al, Nat Methods 2014; Boekel J. et al, Nat Biotechnol 2015; Zhu Y et al, Nat Commun 2018).

Denna innovativa metod öppnar helt nya möjligheter att upptäcka cancerspecifika proteiner, potentiellt rika källor till tumörspecifika antigen (s.k. neoantigen). En annan teknologisk utveckling är vår tillämpning av djupgående proteomik på enstaka celler/låga cellantal, särskilt lämpad för analys av FACS-sorterade cellpopulationer av hematologiskt ursprung. Vi har börjat tillämpa detta framgångsrikt på flera hematologiska maligniteter.

Doktoranden förväntas aktivt arbeta med dessa teknologier och tillämpa dem på kliniska kohorter av leukemier och lymfom, med målet att upptäcka cancerspecifika antigen, mekanismer för cancerundvikande, samt bedöma påverkan av dysreglerade molekylära signalvägar i relation till cellernas differentieringsstadium. Studenten förväntas därför komplettera MS-baserade metoder med flödescytometri och sekvenseringsmetoder, vilka också finns tillgängliga vid SciLifeLab och KI:s faciliteter.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi söker en entusiastisk och mycket motiverad kandidat till vårt team. Sökande bör ha en masterexamen (eller motsvarande) inom molekylärbiologi, bioteknik eller annat relevant område inom livsvetenskaper. Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet. För att lyckas som doktorand är det viktigt att du har ett starkt personligt driv samt ett flexibelt och nyfiket sinne för att kunna hantera det snabbt utvecklande området inom proteomikteknologier, inklusive proteogenomik, singelcellproteomik och lågcellproteomik, med tillämpning inom cancerforskning.

Utmärkta och dokumenterade laboratoriefärdigheter inom molekylärbiologi/biokemi är avgörande. Praktisk erfarenhet av provberedning för proteomik i våtlabb samt arbete med LC/MS är starkt meriterande. Tidigare erfarenhet av bioinformatiska analysflöden (med programmeringsspråk som R, Python, bash), arbete med singelcell-/lågcellsproteomik samt flödescytometri/FACS-sortering ses som en fördel.

Eftersom kandidaten kommer att arbeta i en tvärvetenskaplig miljö är förmågan att samarbeta med andra forskare samt god kommunikationsförmåga viktig. Goda kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt, är nödvändiga.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Ansök senast den 10 oktober.

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

LehtiöLab

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet