Doktorandtjänst inom single-cell cancer multiomics/bioninformatik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärande aktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Anslut dig till oss vid institutionen för Onkologi-Patologi, Karolinska Institutet. Forskningsgruppen under ledning av Martin Enge är specialiserad på metod-driven forskning på patientmaterial, särskilt inom området single-cell multiomik. Vi är en tvärvetenskaplig grupp med expertis inom både torr- och våtlaboratoriemetoder. Vi kombinerar banbrytande grundforskning med starka band till kliniken och strävar efter att direkt påverka framtida klinisk praxis.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Friska vävnader utgörs av ett begränsat antal distinkta celltyper och celldifferentiering är strikt reglerat. Cancerceller har emellertid genetiska förändringar som tar bort sådana begränsningar, vilket betyder att olika kloner i samma individ kan ge upphov till sinsemellan olika celltyper som är unika för det muterade genomet. För att förstå hur subklonal variation påverkar celltyper i cancer har vi utvecklat en uppsättning single-cell multiomik-metoder, bland annat DNTR-seq för parallel WGS/mRNA-seq (se: Zachariadis et al. Mol. Cell 2020, Andrews et al. Nat. Methods 2021, Enge et al. Cell 2017). I detta projekt använder vi dessa metoder metoderna för att studera klonal heterogenitet i leukemier och solida tumörer och förstå hur kopienummer påverkar genuttryck. Vi arbetar också med en longitudinell studie under induktionsbehandling för att bättre förstå genetiska och epigenetiska egenskaper hos de celler som undkommer behandling för att sedan ge relaps.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi letar efter en driven doktorand med ett intresse av att studera cancer genetik/genomik med hjälp av nydanande singel-cell metoder. Våra projekt är tvärvetenskapliga, och du bör vara intresserad av att lära dig både molekylärbiologi och datavetenskapliga metoder. Vi förlitar oss mycket på samarbeten med kliniker, vilket du förväntas hantera. Kompetens i skriftlig och muntlig engelska är nödvändig.

Vi söker primärt en kandidat med en av följande profiler:

1. En bioinformatisk doktorand med intresse för cancergenetik. Den ideala kandidaten har en stark bakgrund inom datavetenskap/computational biology. Specifik erfarenhet av att analysera sekvensnivådata på singel-cellnivå, R/Bioconductor och Python/Tensorflow/PyTorch är en merit men är inte ett krav.
   
   
2. En experimentell doktorand med intresse för metodologiskt driven cancerforskning. Starka meriter som inom molekylärbiologiska metoder är ett krav. Specifik erfarenhet av cancergenetik eller single-cell genomik är en merit men är inte ett krav.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Ansök senast den 2 juli.

Tio skäl att välja Karolinska Institutet

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet