Doktorandplats inom probabilistiska modeller av proteiner

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer. MTC har cirka 40 forskargrupper och våra nyckelord är multidisciplinära, överbryggande, nationella och internationella samarbeten.

Forskargruppen

Tjänsten är i Ben Murrells grupp på MTC, baserad i Biomedicum på Karolinskas Solna-campus. Laboratoriet har arbetat över det experimentella/beräkningsmässiga tvärvetenskapliga spektrumet inom ämnen i virologi och immunologi, och specialiserar sig för närvarande på beräkningsbiologi med fokus på att utveckla metoder och tillämpningar av djupinlärning för proteinsekvens och -struktur, samt ämnen inom fylogenetik. Detta projekt kommer att innebära nära samarbete med experimentalister och kommer att medhandledas av Prof Gerald McInerney och Dr Daniel Sheward, som har expertis inom virologi och immunologi.

För en aktuell lista över ämnen som Murrell-labbet arbetar med, vänligen se: https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=I80vy5cAAAAJ&sortby=pubdate och https://staff.ki.se/people/benjamin-murrell

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Datadriven livsvetenskaps (DDLS) doktorandprojekt fokuserar på probabilistiska modeller av proteinstruktur, som främst kan användas för beräkningsbaserad proteindesign, men också för en rad andra tillämpningar relaterade till modellering och förståelse av proteiner och deras beteende. Kärnan i projektet kommer att vara utveckling och förfining av nya beräkningsmetoder och modeller, inklusive att utöka metoder som redan är under utveckling i laboratoriet, med särskilt fokus på sätt att utöva mer precis kontroll för proteindesign.

I samarbete med medhandledarna och deras labb kommer projektet också att innefatta användning av dessa metoder (och metoder utvecklade av andra) för tillämpningar inom infektionsbiologi, främst för att designa immunogener för nya vacciner, men också utforska andra tillämpningar. Ett annat mål är att använda de specifika egenskaperna hos några av de metoder vi utvecklar för att försöka förbättra sekundära modellanvändningsfall, såsom att utvärdera designade proteinryggrader och förutsäga de funktionella effekterna av proteinvarianter.

Därutöver kommer doktoranden att vara en del av DDLS-initiativet och delta i DDLS forskningsskola.

Allmän beskrivning av DDLS programmet

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för  datadriven livsvetenskap  (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,3 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/.

Till Karolinska Institutet söker vi en doktorand inom Datadriven smittspridning och infektionsbiologi.

Datadriven smittspridning och infektionsbiologi omfattar forskning som kommer att förändra vår förståelse av patogener, deras interaktioner med värdorganismer och miljön, och hur de överförs i populationer. Forskningen ska ha ett starkt fokus på beräkningsanalys eller prediktiv modellering av patogenbiologi eller värd-mikrobinteraktioner, i vilka flerdimensionella experimentella data tillgängliggörs på genomnivå, eller via genetiska, kliniska eller folkhälsodata på populationsnivå från patogenstudier och biobanker.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. Har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. Har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. Har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

• Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument: Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Utöver ovan nämnda krav för rollen:

• En påvisbar beräkningskompetens, bekväm med att använda och utveckla algoritmer, datastrukturer etc. för att lösa utmanande problem krävs (det kommer att finnas en praktisk kodningsbedömning under rekryteringsprocessen)
• En solid matematisk grund krävs (flervariabelanalys, linjär algebra, sannolikhetsteori, etc.)
• En kompetens inom kvantitativa ämnen motsvarande en examen i matematik, statistik, fysik, datavetenskap eller ingenjörsvetenskap krävs (om din examen inte var inom något av dessa områden måste du visa att du ändå har förvärvat denna kompetensnivå)
• En stark motivation att utveckla nya beräkningsmetoder, i detalj undersöka deras beteende och tillämpa dem på biologiska utmaningar krävs
• Viss erfarenhet och förståelse av probabilistisk modellering och/eller djupinlärning krävs, liksom en önskan att fördjupa denna förståelse
• Kandidaten måste visa en vilja att arbeta självständigt och starka kommunikationsförmågor för att arbeta i samarbete inom ett team

Meriterande för rollen:

• Erfarenhet av utveckling och/eller implementering av djupinlärningsmodeller är fördelaktigt (särskilt om det är i samband med proteinstruktur)
• Erfarenhet av strukturbiologi och/eller molekyldynamik är fördelaktigt
• Offentligt tillgänglig kod är fördelaktigt
• Erfarenhet av programmeringsspråket Julia är fördelaktigt

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

• Ett personligt brev och curriculum vitae
• Eventuella examensarbeten och publikationer
• Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
• Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
• Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

• Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
• Analytisk skicklighet
• Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

https://ki.se/en/mtc

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet