Doktorandplats i DNA-topologi och genomstabilitet

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Vi söker en ambitiös doktorand som kommer att arbeta med att främja vår förståelse av hur DNA-topologi och topoisomerasaktivitet är kopplat till onkogena translokationer, med syftet att utveckla strategier för att förhindra en sådan mekanism hos cancerpatienter.

Forskargruppen

Baranello Lab: Utifrån vår ämnesexpertis inom topoisomeras-funktion och cancerbiologi, ämnar vi att svara på grundläggande frågor om hur transkription, replikation och DNA-topologi är funktionellt koordinerade i mänskliga celler. Vi använder oss av de senaste metoderna för att bedöma transkriptom-, epigenom- och replisom-profiler, samt bioinformatik, mikroskopi och enstaka molekylanalyser för att förstå hur topoisomeras-reglering påverkar grundläggande processer i cellkärnan (huvudreferenser: Baranello et al. Cell 2016; Wiegard et al. Molecular Cell 2021; Das et al. Molecular Cell 2022, Cameron et al. Science Advances 2023). Det övergripande målet är att avslöja nya cancerspecifika processer, och utveckla strategier som är specifika för tumörceller.

Vi är ett dynamiskt forskarteam med ett väletablerat samarbetsnätverk. Gruppen är också knuten till Dr. Levens laboratorium vid National Institutes of Health i USA, Prof. Shirahiges laboratorium vid Institute for Quantitative Biology (IQB), the University of Tokyo i Japan, och and Prof. Nishiyama vid Nagoya University, Japan. Den utvalda sökanden kommer således att ingå i flera nätverk av internationellt erkända forskare. Gruppen är placerad i Biomedicum, en toppmodern forskningsbyggnad som hyser forskare inom ett stort antal områden, och ger tillgång till toppmodern infrastruktur och faciliteter.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi söker en mycket motiverad, driven, entusiastisk person som är intresserad av vårt forskningsområde och redo att utforska nya vägar inom vetenskapen. Kandidaten ska ha ett starkt samarbetande förhållningssätt till forskning, vara en lagspelare och bidra till en god social miljö i laboratoriet.

 Krav:

• Stor kompetens inom cell- och molekylärbiologi
• Expertis inom genomik
• Expertis inom transkriptionsreglering
• Expertis inom DNA-topologi
• Kunskaper i vetenskaplig programmering (t.ex. R/Bioconductor, Python, UNIX)
• Intresse av att lösa intrikata vetenskapliga frågor och vilja att hjälpa mastersstudenter.
• Utmärkt interpersonell och kommunikationsförmåga (på engelska skriftligt och muntligt). Tonvikten kommer också att läggas på personlig lämplighet, som passar väl in i den aktuella forskargruppen.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Topoisomeraser är viktiga enzymer som reglerar DNAts topologi vilket gynnar replikation och transkription genom att klyva och återförsluta DNA-strängar. Eftersom cancerceller är mer proliferativa än normala celler,  är de senare starkt beroende av topoisomerasernas aktivitet. Därför kan läkemedels-strategier som inriktar sig på topoisomeraser utgöra ett sätt att selektivt hämma cancerceller.

Fokus för detta forskningsprojekt är att förstå hur aktiviteten av topoisomeraset regleras vid repetitiva element i samband med genomveckning och kromosomala translokationer. Det övergripande målet är att utveckla strategier för att modulera dessa regleringsmekanismer och förhindra genomisk translokation hos cancerpatienter. Vi kommer att använda biokemiska och molekylärbiologiska tillvägagångssätt, DNA- och RNA-sekvensering och CRISPR-baserad genomredigering för att undersöka sambandet mellan genomdynamik och topoisomerasaktivitet.

Projektet är en kombination av praktiska laborationer och beräkningsanalys (programmering i R och/eller Python). I doktorandutbildningen ingår även närvaro vid seminarier, kurser och konferenser. Doktoranden ska planera och genomföra experiment, analysera data, tolka och presentera resultaten samt skriva vetenskapliga artiklar, initialt under handledning men med större självständighet under projektets gång.

Vad erbjuder vi? 

Baranello-labbet är angelägen om att ge kandidaten en möjlighet att utveckla och/eller tillämpa toppmoderna metoder för att lösa aktuella biologiska nyckelfrågor. Nödvändig utbildning i sekvenseringsteknik och beräkningsanalys kommer att ges till kandidaten. Vi är angelägna om att ge kandidaterna möjlighet att bli oberoende forskare inom tvärvetenskaplig vetenskap inom 4 år.

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Besök Baranello Lab: https://ki.se/en/research/groups/topoisomerases-chromatin-biology-and-cancer-laura-baranellos-group

Besök institutionen för cell- och molekylärbiologi:https://ki.se/en/cmb/department-of-cell-and-molecular-biology

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla] ---

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten  och en komplett lista över publikationer
- En komplett meritförteckning (max 3 sidor)
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)
- Ett brev som beskriver tidigare prestationer, teknisk expertis och varför du vill arbeta med oss (högst en sida, allmänna brev accepteras inte, max 1 sida)
- Namn och kontaktuppgifter för två forskare för referensbrev

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet