Doktorandplats inom bioinformatik: Klinsk bröstcancerproteomik

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Tjänsten kommer att placeras i forskargruppen för cancerproteomik och masspektrometri ledd av professor Janne Lehtiö vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Lehtiö-gruppen är en translationell grupp som syftar till att förbättra cancerbehandling genom analys av multi-omik tumördata. Gruppmedlemmarna kommer från olika discipliner och arbetar som ett team för att studera gener och proteiner i biologiska nätverk, förstå hur tumörens molekylära förändringar påverkar proteomet och upptäcka nya sjukdomsbiomarkörer som kan utnyttjas terapeutiskt. Forskare och ingenjörer i vår grupp arbetar nära tillsammans och använder en mängd olika teknologier för att generera ny kunskap om sjukdomens biologi och implementera verktyg för att stödja kliniskt beslutsfattande inom onkologi.

SciLifeLab är en nationell infrastruktur och forskningscenter inom teknikdriven livsvetenskap och Karolinska Institutet är ett av de fyra grundande universiteten för SciLifeLab. Vi erbjuder ett mycket stimulerande och varierande arbete i ett team av mycket motiverade medarbetare med expertis inom avancerad teknik.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Vi söker en mycket motiverad doktorand i bioinformatik, intresserad av omiksdataanalys av kliniska kohorter av bröstcancer som karakteriseras av masspektrometri-baserad proteomik. Tjänsten kräver ett stort intresse och nyfikenhet för att lära sig proteomikdataanalys samt kommunikationsförmåga och vilja att arbeta i en teammiljö. Arbetet kommer att involvera integrativ och translationell analys av flera nivåer av omiksdata från bröstcancerkohorter. Fokus kommer att ligga på att utveckla och tillämpa omiksmetoder på biologiskt/kliniskt orienterade forskningsfrågor och att analysera insamlade data samt att validera resultaten med hjälp av data från offentliga domäner. Detta inkluderar både att tillämpa etablerade dataanalyssteg samt att undersöka nya strategier och lösningar för analys av kvantitativa biologiska data. Forskningen kommer att fokusera på en subtyp av bröstcancer kallad HER2-positiv.

Den aktuella tjänsten erbjuder stora möjligheter till innovativ forskning inom proteomikdatabearbetning och analys tillsammans med en dedikerad grupp forskare.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Kvalifikationer

• Masterexamen, eller motsvarande, i biologi, medicin, bioinformatik, datavetenskap, matematisk statistik eller annat relevant område.
• Dokumenterad utbildning och erfarenhet av bioinformatikdataanalys.
• Programmeringserfarenhet.
• Kunskap i statistiska metoder.
• Grundläggande förståelse för cell- och molekylärbiologi inom cancer.
• Flytande i engelska.
• Utmärkta kommunikationsfärdigheter.

Ytterligare meriter

• Dokumenterad utbildning och erfarenhet inom bioinformatik, inklusive erfarenhet av till exempel NGS, MS-baserad proteomik eller analys av data från andra höggenomströmnings-/högdimensionella metoder.
• Arbetslivserfarenhet inom systembiologi/systemmedicin, storskalig dataanalys, integration och visualisering.
• Programmeringserfarenhet i: Python och/eller R.
• Förmåga att tolka omiksdata i ett biologiskt sammanhang.
• Kunskap och arbetslivserfarenhet inom MS-baserad proteomik.
• Kunskap och arbetslivserfarenhet inom bröstcancer och HER2-bröstcancerbiologi.
• Kunskap om cancerbiologi och aktuell translationell cancerforskning.

Eftersom tjänsten innebär nära samarbete med flera forskare, läggs stor vikt vid personliga färdigheter såsom:

• Mycket god samarbetsförmåga.
• Utmärkta kommunikations- och analytiska färdigheter.
• Nyfiken och ivrig att lösa biologiska frågor.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev som svarar på frågorna 1) varför är jag intresserad av denna tjänst och 2) vad kan jag bidra med.
- Curriculum vitae (svenska eller engelska)
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet