Doktorandplats inom spatial transkriptomik och cancerimmunologi

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

En doktorandtjänst är tillgänglig inom Engblom labbet inom immunologi, cancer och spatial transkriptomik, med det övergripande målet att förstå tumörassocierade immunresponser och utnyttja dessa för terapi. Det övergripande målet för labbet är att förstå B-cellsrelaterade mekanismer i cancer för att identifiera nya sätt att behandla tumörer. För att göra detta undersöker vi de spatiella relationerna mellan B-cellkloner och deras omkringliggande nischer inom cancervävnader med hjälp av vår egenutvecklade teknologi (Spatial VDJ). Med hjälp av etablerade och nyutvecklade algoritmer kartlägger vi B-cellsutveckling inom tumörer och identifierar potentiella tumörreglerande antikroppar för funktionella tester. Utöver labbets fokusområde har vår forskargrupp nationella och internationella samarbetsprojekt inom interaktioner mellan människa och mikrober, vaccinforskning och teknologisk utveckling.

Forskargruppen är ledd av Dr. Camilla Engblom, i Dr. Eduardo Villablanca’s labb i Allergi and Immunology avdelningen. Vårt labb ämnar främja en kreativ, mångsidig och inkluderande arbetsmiljö med målet att alla labbmedlemmar undersöker och ger svar på ambitiösa och spännande vetenskapliga frågor. Labbet är beläget inom en dynamisk forskningsmiljö med ett flertal grupper som forskar på olika aspekter av allergi och autoimmuna sjukdomar (Allergi- och immunologiavdelningen vid Medicinska institutionen, Solna).

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Engblom-labbet har nyligen utvecklat en ny metod för att studera B-celler och B-cellsreceptorer inom deras vävnadsmikromiljö med hjälp av spatial transkriptomik. Kandidaten kommer att bidra till banbrytande forskning för att lokalisera immunresponser under tumörprogression och anti-cancerterapi.

Doktorandprojekten kommer att fokusera på att anpassa och använda spatial vdj metoden till prekliniska studier, analysera B cellsklondynamik med spatial transkriptomik, samt att utveckla nya metoder för att studera och analysera dessa interaktioner.

Kandidaten förväntas lära sig att utveckla forskningsfrågor och hypoteser, planera experiment, analysera data, ta kurser, skriva vetenskapliga manuskript, kommunicera vetenskap med deras medarbetare och allmänheten, samt att engagera sig inom den vetenskapliga miljön.

Den sökande kommer att ha ett nära samarbeta med andra studenter, doktorander, postdoktorer och forskare. Den sökande förväntas att aktivt utföra forskning inom bioinformatik, med hjälp av djurmodeller och mänskliga prover, och presentera resultat för allmän och specialiserad publik.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi söker en kandidat med stor skicklighet och dokumenterad forskningserfarenhet särskilt inom immunologi, bioinformatik, spatial transcriptomik, single-cell transkriptomik, samt Python och R programmeringsspråk. Kandidaten bör ha erfarenhet av att utföra "wet lab"-experiment för att generera föregående data. Forskningserfarenhet inom analys av ’spatial vdj/transkriptomik, long-read sekvensering, och singel-cell transkriptomik kommer betraktas som starkt meriterande. Vi ser gärna att kandidaten har dokumenterad erfarenhet av att utveckla neural networks. Kandidaten förväntas arbeta med prekliniska och kliniska data.

Tjänsten kommer att kräva självständigt arbete samt omfattande samarbete med andra experimentella grupper. Flytande i både muntlig och skriftlig engelska är ett krav. Dokumenterad förmåga att analysera och presentera resultat muntligt och skriftligt är viktigt. Erfarenhet av att handleda studenter (tex på kandidatnivå eller liknande) är meriterande.

Den sökande behöver vara mycket engagerad, nyfiken, självständig, en bra samarbetspartner och att ha en bra initiativförmåga.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla] ---

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

https://www.scilifelab.se/researchers/camilla-engblom/

https://ki.se/personer/camilla-engblom#publications

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet