Doktorandplats i beräkningsnätverksbaserad cancer precisionsmedicin - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

En doktorandtjänst är tillgänglig inom cancerprecisionmedicin med hjälp av avancerade maskininlärningsmetoder och AI-metoder på storskaliga data. Tjänsten är en del av SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS).

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och globala ekosystem. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) syftar till att rekrytera och utbilda nästa generation av datadrivna forskare inom livsvetenskap och att skapa världsledande förmågor inom beräknings- och datavetenskap i Sverige. Programmet finansieras med totalt 3,1 miljarder SEK (cirka 290 miljoner USD) över 12 år från Knut och Alice Wallenbergs (KAW) Stiftelse.

Under 2024 kommer DDLS forskarskola att lanseras med rekryteringen av 20 akademiska och 7 industriella doktorander. Under DDLS-programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska områden: cell- och molekylärbiologi, evolution och biodiversitet, precisionsmedicin och diagnostik, epidemiologi och infektionsbiologi. För mer information, se: Datadriven livsvetenskap (DDLS) - SciLifeLab

Framtiden för livsvetenskap är datadriven. Vill du vara en del av den förändringen? Då är du välkommen att delta i detta unika program!

Forskargruppen

Doktorandstudierna kommer att genomföras i forskargruppen Cancerproteomik Masspektrometri under ledning av professor Janne Lehtiö. Forskargruppen är placerad vid SciLifeLab i Solna, Stockholm. Lehtiö-forskargruppen är ett translationellt team av forskare dedikerade till att främja analysen av det mänskliga proteomet. Vi utvecklar innovativa metoder för att förbättra personlig cancerbehandling.

Proteomik är storskaliga studier av proteomet - hela uppsättningar av proteiner i ett biologiskt system. Detta vetenskapsområde fokuserar på att förstå proteiner i biologiska processer. Genom att analysera proteomet kan vi få insikter i cellbeteende, sjukdomsmekanismer och potentiella terapeutiska mål. Proteomik involverar olika teknologier och metoder, såsom masspektrometri och bioinformatik.

Vårt mål är att koppla kunskap om cancerproteomet till genomik- och klinisk data för att förbättra personlig cancerbehandling genom att öka förståelsen för cancerbiologi. Vi anser att detta är en viktig utveckling inom precisionsmedicin för att välja den mest effektiva behandlingen för varje patient.

För detta translationella projekt har vi bildat ett handledarteam med professor Chacholski som leder gruppen för Topologisk Dataanalys (TDA) vid KTH:s matematiska institution med målet att avslöja strukturer i biomedicinska datamängder med hjälp av algebra, topologi och geometri, och biträdande professor Nilsson, som nyligen anslöt sig från Massachusetts Institute of Technology (MIT) och håller på att etablera en forskargrupp vid KI som en DDLS-stipendiat, med ett forskningsfokus på förklarbar artificiell intelligens med hjälp av omfattande biodata.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Vid Karolinska Institutet/SciLifeLab söker vi en doktorand inom datadriven precisionsmedicin och diagnostik.

Datadriven precisionsmedicin och diagnostik omfattar dataintegration, analys, visualisering och data tolkning för patientstratifiering, upptäckt av biomarkörer för sjukdomsrisker, diagnos, läkemedelsrespons och hälsomonitorering. Forskningen inom precisionsmedicin förväntas använda befintliga starka tillgångar i Sverige och utomlands, såsom molekylära data (t.ex. omics), bildbehandling, elektroniska sjukvårdsjournaler, longitudinella patient- och populationsregister och biobanker.

Detta doktorandforskningsprojekt syftar till att utveckla nya metoder för att förbättra analys och datatolkning av framtida diagnostikdata inom cancerprecisionmedicin med hjälp av storskaliga omics-data. Utöver kemoterapi fokuserar moderna läkemedelsbehandlingar nu på målinriktade terapier. Denna metod använder genomisk analys av individuella tumörprover för att identifiera specifika DNA-förändringar som styr behandlingsval. Trots framsteg med målinriktade behandlingar understryker fortsatt förekomst av återfall hos patienter det akuta behovet av ytterligare utvecklingar. Vi har framgångsrikt arbetat med att bredda verktygslådan inom diagnostik för att förstå cancer och matcha effektiva behandlingar till patienter baserat på denna kunskap.

Vi söker nu en doktorand med intresse för beräkningsbiologi, bioinformatik, cancerprecisionmedicin, proteogenomik och nätverksanalys för att utveckla metoder som överför analys från kohortnivå till patient-specifika protein-protein interaktionsnätverk, med användning av både egenproducerade och offentligt tillgängliga data. Specifikt kommer doktoranden att konstruera celltyp- och patient-specifika proteinnätverk samt utveckla geometribaserade klassificerare för att upptäcka ny cancerbiologi och förutsäga patientgrupper som kan ha nytta av målinriktad terapi. Studenten kommer att vara involverad i att utveckla maskininlärningsmodeller med neurala nätverk och topologisk dataanalys på proteogenomikdata. Förklarbara modeller kommer att prioriteras för att stödja transparens i kliniska beslutsstödsystem. Övergripande förväntas kandidaten skaffa sig expertis inom dataanalysetekniker för proteogenomik inom cancerprecisionmedicin.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ och inspirerande miljö full av expertis och nyfikenhet på LehtiöLab samt med medhandledarteam. Vårt multinationella team av medarbetare har en mångfaldig bakgrund både inom utbildning och expertis, inbäddad vid SciLifeLab och Karolinska Institutet, vilket är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och att främja bättre hälsa för alla. Vid Karolinska Institutet bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinsk utbildning i Sverige. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett brett utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en ledande forskargrupp. I denna position erbjuder även DDLS-doktorandprogrammet stora möjligheter till interaktion med andra doktorander och spetsutbildning. Karolinska Institutet och SciLifeLab samarbetar med framstående universitet från hela världen, vilket säkerställer möjligheter till internationella utbyten. Du kommer att anställas på en doktorandtjänst, vilket innebär att du får en kontraktsenlig lön. Anställda har också tillgång till vårt moderna gym gratis och får ersättning för sjukvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi söker en entusiastisk och högt motiverad kandidat för att ansluta till vårt team. Sökande bör ha en masterexamen (eller motsvarande) i datavetenskap, bioinformatik, biostatistik, matematik, systembiologi eller andra relevanta livsvetenskapliga eller relaterade områden. Kunskap i R och/eller Python programmeringsspråk samt erfarenhet av maskininlärning krävs. Erfarenhet av storskalig dataanalys är önskvärt. Erfarenhet av djupinlärningsramverk (TensorFlow, PyTorch, Keras, Scikit-learn) och topologisk dataanalys är också en fördel. Goda kunskaper i talad och skriven engelska är nödvändiga. Eftersom doktoranden kommer att vara en del av ett tvärvetenskapligt team av experter inom cancerbiologi, proteomik, bioinformatik och matematik, är förmågan att arbeta med andra forskare och god kommunikationsförmåga viktiga.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet