Doktorandplats inom datadriven precisionsmedicin och diagnostik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

I vår forskargrupp kommer du att arbeta med forskare som bedriver världsledande forskning om förekomst och progression av inflammatoriska sjukdomar som multipel skleros (MS). Vi arbetar med att integrera storskalig klinisk information med molekylär genetik, miljö/livsstilsdata och registerdata. Detta arbete bygger på intensiva lokala, nationella och internationella samarbeten. Vi erbjuder en kreativ och inspirerande miljö med bred kompetens inom genetik och epidemiologi och nära anknytning till kliniker. Centrum för molekylär medicin är en forskningsmiljö med grupper som studerar olika folksjukdomar med ett brett spektrum av metoder och det finns stora möjligheter att interagera med forskare i andra grupper genom gemensamma seminarieserier och samarbeten.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Datadriven precisionsmedicin och diagnostik omfattar dataintegration, analys, visualisering och datatolkning för patientstratifiering, upptäckt av biomarkörer för sjukdomsrisker, diagnos, läkemedelsrespons och övervakning av hälsa. Forskning inom precisionsmedicin förväntas använda befintliga starka tillgångar i Sverige och utomlands, såsom molekylära data (t.ex. omics), avbildningstekniker, elektroniska hälso- och sjukvårdsdata, longitudinella patient- och befolkningsregister och biobanker.

MS är en livslång neurologisk sjukdom som drabbar individer, i första hand kvinnor, under sina mest produktiva år med olika grader av progressiv funktionsnedsättning som påverkar livets alla områden och inkluderar fysisk funktionsnedsättning, kognitiv funktionsnedsättning och trötthet. Detta doktorandprojekt syftar till att ta itu med viktiga forskningsfrågor för att reda ut komplexiteten i genotyp-fenotyp-relationer och progressionen av MS. Detta kommer att uppnås genom att utnyttja en av de största och rikaste MS-datauppsättningarna som finns tillgängliga. Dessutom kommer projektet att generera syntetiska data från personuppgifter för att mildra bristen på sällsynta sjukdomar. Detta kommer att underlätta datatillgänglighet för vidareutveckling av prediktiva modeller, och därigenom förbättra kvaliteten och omfattningen av MS-forskningen.

Detta doktorandprojekt använder avancerad nätverksanalys och stora språkmodeller för att utveckla prediktiva modeller för MS-progression. Det innebär att konstruera och analysera ett komplext nätverk som integrerar omiska, genotypiska och kliniska datamängder. Du kommer att spendera större delen av din tid på beräkningsuppgifter, utveckla och tillämpa metoder för hantering, kvalitetskontroll och analys av omfattande datauppsättningar samt vetenskapligt skrivande och presentationer.
Du kommer att handleds av forskare som tillsammans erbjuder expertis inom beräkningsbiologi, genetik, epidemiologi och maskininlärning. Forskningen kommer att vara nära kopplad till WISDOM-projektet, ett EU-finansierat initiativ som samordnas av huvudhandledaren (https://wisdomhorizon.eu/). Dessutom kommer doktorandprojektet att genomföras inom Datadriven Life Sciences Research School där du kommer gå forskarutbildningskurser och delta i DDLS forskarskolas aktiviteter.

Allmän beskrivning av DDLS programmet
Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för  datadriven livsvetenskap  (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,1 miljarder SEK i finansiering (ca 290 MUSD) under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2024 kommer DDLS forskarskola att lanseras via rekryteringen av 20 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/ .

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi söker en kreativ och entusiastisk lagspelare som är intresserad av beräkningsmedicinsk forskning och har en magisterexamen i beräkningsbiologi, datavetenskap, bioinformatik eller relaterade områden.

Du har kunskap om grundläggande begrepp inom statistisk analys. Starka programmeringskunskaper i Python, R och Linux-baserad programvara eller liknande programmeringsspråk och erfarenhet av modern maskininlärning och ramverk för djupinlärning och parallell beräkning med kluster som UPPMAX och GPU:er för högpresterande beräkningar är ett krav.

Det är meriterande om du har erfarenhet av genetik, datavisualisering, omic dataanalys och kunskap om nätverksteori och dess tillämpningar.

Den sökande ska kunna visa god social och kommunikativ förmåga. För att kunna integreras med medlemmarna i forskargruppen och våra internationella samarbetspartners är en hög kunskapsnivå i engelska i tal och skrift viktigt.

Vi söker någon som är ansvarsfull, flexibel och har mycket god samarbetsförmåga.
Du kommer interagera med yrkesverksamma på olika kompetensnivåer på ett professionellt och konstruktivt sätt. Tidigare erfarenhet av arbete inom internationella konsortier är meriterande.

Den sökande ska vara engagerad i att upprätthålla en vänlig och produktiv arbetsmiljö. Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet. 

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Läs mer om forskargruppen här
Läs mer om DDLS här

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss? Sök nu!