Doktorandplats inom utvecklingsbiologi och stamcellsforskning

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Observera: vid avvikelser mellan den svenska och den engelska versionen av annonsen hänvisar vi till den engelska versionen.

Forskargruppen

Vi utlyser en doktorandtjänst inom beräkningsbaserad utvecklingsbiologi och stamcellsforskning vid Adameyko lab (Karolinska Institutet, Stockholm, Sverige). Denna position är en del av SciLifeLab & Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS) och kommer att ge fantastiska utbildningsmöjligheter inom beräkningsbiologi. Biträdande handledare på denna doktorandtjänst är professor Sten Linnarsson (Karolinska Institutet, Sverige) och professor Carolina Wählby (Uppsala universitet, Sverige). 

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Doktorandprojektet kommer att syfta till att integrera transkriptomikdata från enskilda cellkloner, rumsliga och dissocierade celler för 3D-rekonstruktion av neuroutveckling med hjälp av en maskininlärningsmetod och därefter. Kombinationen av single cell och spatial transkriptomik tillför ett kritiskt lager av information genom att kartlägga genuttrycksmönster till specifika platser inom nervvävnaden, vilket avslöjar hur celler interagerar i sin mikromiljö. Klondata från enskilda celler spårar släktskapsförhållandena mellan cellerna, vilket ger insikt i den klonala utvecklingen av nervceller under utveckling och regenerering. Dessa klondata är avgörande för att identifiera progenitorceller och förstå deras roll i genereringen av de olika celltyperna. Integrationen av dessa olika typer av dataset möjliggör en mer omfattande rekonstruktion av neurologiska utvecklingsprocesser genom att kombinera insikter om vad som händer i enskilda celler (genuttryck), var det händer (rumslig kontext) och hur det hände (släktskap och klonal historia). Kombinationen av dessa datatyper (celltillstånd, cellplats och cellgenealogi) är också särskilt kraftfull vid modellering av neurologiska utvecklingsstörningar och neurodegenerativa sjukdomar, eftersom den möjliggör klonal fenotypning och multiplexering av flera CRISPR-baserade störningsexperiment i embryon och mänskliga hjärnorganoider. Som nybörjare förväntar vi oss goda kunskaper i Python och R samt förståelse för biologi (genomik/transcriptomik).

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

DDLS

Data-driven Life science (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och globala ekosystem. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för Data-driven life science (DDLS) syftar till att rekrytera och utbilda nästa generation av datadrivna livsforskare och att skapa globalt ledande beräknings- och datavetenskaplig kapacitet i Sverige. Programmet finansieras med totalt 3,1 miljarder kronor (cirka 290 MUSD) under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs (KAW) Stiftelse. Under 2024 kommer DDLS Research School att lanseras med rekrytering av 20 akademiska och 7 industridoktorander. Under DDLS-programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att ingå i forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska områden: cell- och molekylärbiologi, evolution och biologisk mångfald, precisionsmedicin och diagnostik, epidemiologi och infektionsbiologi. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data driven/ddls-research-school/.

Framtiden för Life science är datadriven. Vill du vara en del av den förändringen? Anslut dig då till oss i detta unika program!

Beskrivning av ämnet

Datadriven cell- och molekylärbiologi omfattar forskning som i grunden förändrar vår kunskap om hur celler fungerar genom att titta på deras molekylära komponenter i tid och rum, från enskilda molekyler till naturliga vävnadsmiljöer.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi förväntar oss att de sökande behärskar R eller Python (eller helst båda) och har viss erfarenhet av att lösa beräkningsbiologiska uppgifter inom genomik/transcriptomics eller bildanalys. Erfarenhet av maskininlärning är ett plus. Samtidigt ska den sökande ha en allmän kunskap om grundläggande universitetsbiologi och förstå genomisk reglering av genuttryck under vävnads- och organutveckling. 

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd. För mer information, se:

• https://adameykolab.eu
• https://ki.se/en/research/groups/developmental-biology-and-regenerative-medicine-igor-adameykos-research-group

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet