Doktorand i digital patologi

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik bedriver forskning inom epidemiologi och biostatistik inom ett brett spektrum av områden inom biomedicinsk vetenskap. Institutionen är bland de största inom sitt område i Europa och har särskilt starka forskningsprofiler inom psykiatrisk, cancer-, reproduktiv, pediatrisk, farmakologisk, genetisk och geriatrisk epidemiologi, ätstörningar, precisionsmedicin, och biostatistik.

En del av framgången för institutionen beror på vår samarbetsanda, där en stor bidragande faktor är att forskare vid institutionen delar och samfinansierar gemensamma resurser (som t.ex. IT och en tillämpad biostatistikgrupp). Institutionen ligger på campus Solna. Mer information finns på http://ki.se/meb.

Detta doktorandprogram är en del av SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för data-Driven Life Science (DDLS).

Data driven life science

Data driven life science (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människors hälsa och globala ekosystem. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för data driven Life Science (DDLS) syftar till att rekrytera och utbilda nästa generations datadrivna forskare inom life scince och att skapa globalt ledande beräknings- och datavetenskapliga förmågor i Sverige. Programmet är finansierat med totalt 3,1 miljarder SEK (cirka 290 MUSD) över 12 år från Knut och Alice Wallenberg (KAW) Foundation. Under 2024 kommer DDLS Research School att lanseras med rekrytering av 20 akademiska och 7 industridoktorander. Under DDLS-programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att ingå i Forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska områden: cell- och molekylärbiologi, evolution och biologisk mångfald, precisionsmedicin och diagnostik, epidemiologi och infektionsbiologi. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/

Framtiden för life science är datadriven. Kommer du att vara en del av den förändringen? Sök då till detta unika program!

Forskargruppen

Med 1,1 miljoner nya diagnoser varje år är prostatacancer den vanligaste cancerformen hos män i utvecklade länder. Prostatacancergruppen vid MEB är en mycket tvärvetenskaplig och dynamisk forskningsgrupp i internationell framkant för att utveckla och implementera precisionsmedicinska strategier för att förbättra diagnostik och behandling av prostatacancer. Forskningen spänner över världsledande datakällor, innovativa kliniska prövningar, genomik, maskininlärning och artificiell intelligens.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

På institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik vid Karolinska Institutet söker vi tjänsten som doktorand i datadriven life science.

Datadriven precisionsmedicin och diagnostik omfattar dataintegration, analys, visualisering och datatolkning för patientstratifiering, upptäckt av biomarkörer för sjukdomsrisker, diagnos, läkemedelsrespons och övervakning av hälsan. Den precisionsmedicinska forskningen förväntas dra nytta av befintliga starka tillgångar i Sverige och utomlands, såsom molekylär data (t.ex. omics), bildbehandling, elektronisk sjukvårdsjournaler, longitudinella patient- och befolkningsregister samt biobanker.

Arbetet syftar till att minska dödligheten i prostatacancer genom mer exakt riskprognos och screening, samt genom utveckling av nya metoder för kliniska prövningsdesigner. Vi söker nu en doktorand med stark bakgrund inom digital patologi, bildanalys och utveckling av artificiell intelligensför att arbeta med dessa projekt.

Vad erbjuder vi? 

Tio skäl att välja Karolinska Institutet
Karriärstöd för doktorander

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Den sökande bör ha en masterexamen i datavetenskap och teknik, eller ett närbesläktat område som signalbehandling, maskininlärning, statistik eller bioinformatik.

Erfarenhet av bildanalys och djupinlärningsmodeller, med fokus på objektdetekterings- och segmenteringsmodeller är meriterande, likaså expertis inom digital patologi. Erfarenhet av forskning relaterad till cellgrafer och Graph Neural Networks (GNN) kommer att uppskattas högt, särskilt inom digitala patologimiljöer.

Bevisad förmåga i tvärvetenskapligt samarbete, särskilt med datavetenskap och medicinska forskare.

Starka programmeringskunskaper krävs, med färdigheter i Python, och förtrogenhet med maskininlärning och ramverk för bildanalys (t.ex. TensorFlow, PyTorch, Keras, Scikit-learn, OpenCV) är ett måste. Erfarenhet av filformat och verktyg för whole slide imagas (t.ex. OpenSlide, Bioformats, QuPath, Cytomine), såväl som databaser och högpresterande kluster/molnberäkning är också meriterande.

Flytande engelska är ett krav. Tidigare erfarenhet av att skriva och publicera forskningsmanuskript, särskilt i samband med digital patologi och maskininlärningsapplikationer inom medicin, är meriterande.

Personliga kvaliteter

Den sökande bör vara mycket kollegial och ha förmågan att arbeta effektivt i ett tvärvetenskapligt team, vilket återspeglar en historia av framgångsrikt samarbete med datavetenskap och medicinska forskare. Förmågan att arbeta självständigt, tillsammans med exceptionella organisatoriska färdigheter och en dokumenterad meritlista i att utveckla strukturerade lösningar på komplexa problem, är avgörande.

Kandidaten ska ha utmärkta analytiska färdigheter, visa nyfikenhet och kreativitet samt ha förmåga att ta ansvar för forskningsprojekt, vilket framgår av tidigare handledning av studenter och engagemang i forskning i skärningspunkten mellan datavetenskap och patologi.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet