Doktorandplats Avkodning av molekylära mönster i hjärnan - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

En doktorandplats finns i Rickard Sandberg’s lab på Institutionen för Cell och Molekylärbiologi (CMB). Labbet är lokaliserat i Biomedicum, en topp-modern forskningsbyggnad med tillgång till modern biomedicinsk utrustning. Rickard Sandberg’s lab utvecklar single-cell metoder för studier av genreglering och post-transkriptionella processer på enskild cell nivå. Rickards lab genomför alla aspekter av projekt inom labbet, inkl experimentell forskning och beräkningsbiologi, och vi har även tillgång till starka nationella och internationella samarbetslab. Vi har nyligen utvecklat ett robotiserat molekylärbiologilab som möjliggör single-cell analyser som innehåller splicing informationen på en unik och storskalig nivå, vilken vi vill använda för att kartlägga fundamentala aspekter om hur alternativ splitsning används för att specificera funktion av nervceller i hjärnan.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Doktoranden kommer driva ett forskningsprojekt som är inriktat på att kartlägga när och hur alternativ splitsning används för att specificera nervcells funktion in hjärna hos mus, och hur alternativ splitsning av synaptiska proteiner kan kontrollera synapser kontaktmönster och funktion. Detta projekt utförs i samarbetsprojekt med Allen Brain Institute och Harvard University, där vi bl a kommer generera ett helt unikt dataset med 1 Miljon celler som alla analyserats med Smart-seq3xpress för att kunna kartlägga regler om när och hur cell-typ specifika mönster av splitsning sker i hjärnan, och till vilken del dessa mönster bibehålls till vuxen ålder.

Den tilltänkta doktoranden kommer vara ansvarig för att hantera vår automatiserade robotikanläggning för single-cell genomik, och även FACS sortera celler, sekvensera bibliotekten på vår egna sekvenseringsmaskin, processa sekvensdata, explorativ analys av gen och isoform mönster mha av våra uppsatta beräkningsmetoder i labbet. Därutöver använder vi deep learning modeller för att studera hur RNA-bindande proteiner kontrollerar cell-typs mönster av splitsnings. Utöver detta projekt finns det stora samarbetschanser med starka neurobiologi forskare på KI där samma metodik kan användas på celler från transgena möss för att kartlägga ytterligare aspekter om splitsning av gener och nervcellers funktion.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Du bör ha kunskap om grundläggande labbtekniker såsom PCR, grundläggande enzymatiska metoder för manipulation av nukleinsyror (t.ex. ligering, restriktionsdigestion). Förmågan att utföra laboratoriearbete och dokumentera resultat på ett precist och snyggt sätt samt att diskutera och presentera resultat omfattande krävs.

Det är fördelaktigt om sökanden har erfarenhet av ett eller några av följande:

• RNA-relaterat arbete.
• Förberedelse av bibliotek för enskilda celler
• Nästa generations sekvensering
• Hantering av djur, FACS-sortering.
• Arbete med bioinformatiska verktyg i Python, R eller Rust eller maskininlärning i Pytorch eller liknande programmeringsmiljöer

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla] ---

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet