Doktorandplats inom 3D-genombiologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

En doktorandtjänst inom 3D-genombiologi är nu tillgänglig hos Bienko-gruppen (https://bienkocrosettolabs.org/) på Karolinska Institutet och Science for Life Laboratory i Stockholm. Som doktorand i vårt labb kommer du få breda kunskaper inom 3D-genombiologi samt lära dig att självständigt designa, utföra och kritiskt tolka resultat av experiment som syftar till att ta itu med grundläggande öppna frågor inom detta fält.

Vårt labb är beläget i en internationell och dynamisk forskningsmiljö (https://www.scilifelab.se/) som är fylld av forskare från olika länder och bakgrunder vilket kommer att stimulera din kreativitet och hjälpa dig att forma ditt projekt på ett originell sätt. Bienko-labbet är en del av institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) vid Karolinska Institutet som bedriver forskning och undervisning inom immunologi, infektionsbiologi, cellbiologi och cancer.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Vårt labbs långsiktiga mål är att utveckla en prediktiv modell av 3D-genomet som, givet en linjär genomsekvens, skulle göra det möjligt att förutsäga hur det skulle vika sig i 3D i cellkärnan.

Mot detta mål kommer du i ditt huvudprojekt först att utveckla nya experimentella verktyg för att rekonstruera 3D-genomstrukturen hos enstaka celler som bär genomiska omarrangemang, såsom kromosomala translokationer. Du kommer sedan att använda dessa verktyg för att systematiskt kartlägga 3D-genomstrukturen i enstaka celler härledda från ett bibliotek av cellkloner som har väldefinerade genomiska omarrangemang, som vårt labb håller på att etablera med olika tillvägagångssätt. Slutligen kommer du att arbeta tillsammans med datavetenskapsforskare i vår grupp såväl som med våra internationella samarbetspartners för att träna och validera en maskininlärningsmodell på 3D-genomstrukturen som du kommer ha genererat. Tillsammans kommer ni sedan att tillämpa modellen för att göra encelliga 3D-genomstrukturförutsägelser baserade på stora databaser med humana cancergenom.

Längs denna väg förväntas du lära dig att självständigt designa och genomföra experiment och analysera och tolka den resulterande datan. Du kommer att presentera resultatet av ditt arbete både muntligt och skriftligt inom gruppen och vid lokala, nationella och internationella vetenskapliga möten, alltid enligt principerna om rigorös, reproducerbar och transparent vetenskap.

Vad erbjuder vi?

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

• Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument: Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Som medlem i vårt labb förväntas du arbeta på ett kollegialt sätt, vara öppen för konstruktiv kritik från dina kamrater samt uppskatta att gruppen är mer än summan av dess medlemmar. Vi är övertygade om att större resultat kommer från samarbetsarbete och för att passa in behöver du ha en kollegial anda och samarbeta väl med andra. Dessutom:

Utöver ovan nämnda krav för tjänsten:

• Du är självständig och kan få ditt jobb gjort oberoende av andra som ber dig att göra det
• Du drivs av utmaningar och till synes olösliga problem
• Du kan fokusera på ett problem tills du har löst det, oavsett hur många andra saker du kan göra (även om dessa är mer intressanta)

Meriterande för tjänsten:

• Det är meriterande om du har erfarenhet av programmering på minst ett av följande språk: Python, R, Matlab, C++. Även om du inte behöver ha omfattande expertis inom bioinformatik, förväntas du under detta doktorandprojekt lära dig att bearbeta och (åtminstone delvis) analysera den data som du kommer att generera, under ledning av seniora bioinformatiker i gruppen

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

• Ett personligt brev och curriculum vitae
• Eventuella examensarbeten och publikationer
• Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
• Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
• Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

• Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
• Analytisk skicklighet
• Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

För vidare information om oss kan du besöka vår webbsida: https://bienkocrosettolabs.org/

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet