Doktorand i nästa generations sekvensering av spindelsilkegener för utveckling av ett nytt biomaterial

Vill du bidra till utvecklingen av ett nytt biomaterial?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Vår grupp har utvecklat den första biomimetiska metoden för att spinna konstgjorda spindelsilkefibrer och lyckats etablera en produktions- och reningsmetod för rekombinanta sidenproteiner som resulterar i oöverträffade proteinutbyten (Andersson et al. Nat Chem Biol. 2017; Schmuck et al. Mater Today . 2021; Arndt et al. Adv Funct Mater. 2022). Dessutom har vi sekvenserat ett helt spindelgenom av enastående kvalitet och analyserat transkriptomet av silkeskörtlarna. Vår forskargrupp består av två doktorander, två tekniker, fyra post docs och en bioinformatiker och finansieras av Europeiska forskningsrådet, Vetenskapsrådet, FORMAS och Centrum för Innovativ Medicin. Vi arbetar i nära samarbete med vår systergrupp under ledning av prof Jan Johansson. Forskargruppen finns vid Karolinska Institutet, campus Flemingsberg, och vid SLU i Uppsala.

Besök gärna våra gruppwebbsidor för mer information:

https://ki.se/en/bionut/spider-silk-biology-for-biomedical-applications-anna-rising
https://ki.se/en/bionut/laboratory-for-protein-misfolding-and-assembly

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Vi använder ett tvärvetenskapligt tillvägagångssätt för att förstå bearbetningen och lagringen av silkesproteiner i spindlarnas körtlar. För att göra det kommer vi att använda toppmoderna sekvenseringsmetoder för att bygga en rumsligt upplöst karta över genuttryck i sidenkörtlarna. Proteiner som har identifierats i silkesfibern men som saknar känd funktion kommer att produceras i E. coli, renas och karakteriseras. Förhoppningsvis kommer dessa insikter att hjälpa forskargruppen i strävan att designa proteiner och spinnanordningar som kan producera förbättrade konstgjorda silkesfibrer.

Den framgångsrika kandidaten förväntas ha ett djupt intresse för biologi/bioinformatik/ proteinbiokemi, uppskatta praktiskt labbarbete samt bioinformatiska analyser. Du förväntas förbereda prover och generera och analysera data, skriva uppsatser och andra vetenskapliga texter samt hålla seminarier. Du kommer att driva dina projekt självständigt med stöd av handledare och andra gruppmedlemmar. Den sökande kommer att handleda masterstudenter i labbet. Vi arbetar i samarbete med andra grupper och på ett tvärvetenskapligt sätt vilket ställer krav på att den sökande är självständig, kreativ, har en positiv attityd och är samarbetsvillig. Den sökande kommer främst att arbeta på KI campus Flemingsberg men förväntas även resa till och arbeta i labbet vid SLU i Uppsala och forskningsbesök (under några månader) till andra länder kan vara en del av jobbet.

Vad erbjuder vi?

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön. Du får också träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Den sökande bör ha praktisk erfarenhet av rekombinant proteinproduktion och rening, samt ha teoretiska kunskaper inom biologi och bioinformatik (transkriptomisk analys med hjälp av bioinformatikverktyg), samt kunna skriva manus i R. Det är meriterande om den sökande har tidigare erfarenhet av bildanalys. Den sökande måste behärska engelska flytande i både skrift och tal. En positiv attityd och stark drivkraft att bedriva forskning är önskvärt. Betoning kommer att läggas på personliga egenskaper i urvalsprocessen.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae
- Eventuella examensarbeten och publikationer
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.