Doktorandplats inom tumörsystembiologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Jean Hausser Lab är beläget på SciLife Lab och tillhör Institutionen för Cell- och Molekylärbiologi (CMB) på Biomedicum,  ett nytt tvärvetenskapligt forskningscentrum som är utformat för att samla mycket av den experimentella forskning som bedrivs vid Karolinska Institutet Campus Solna under ett tak för att främja samarbete. Biomedicum hyser cirka 1 200 forskare och annan personal och gör att dyr utrustning kan delas och utnyttjas mer effektivt.

En av immuncellens uppgifter är att hitta och förstöra pre-cancerceller. När pre-cancerceller lyckas undkomma immunförsvarets vaksamhet kan cancer uppstå. Cancer undkommer immunitet med hjälp av en rad molekylära knep, av vilka några är inriktade på immunterapi på kliniken med lovande resultat. Men immunterapi fungerar bara på vissa patienter: när och varför misslyckas immunterapi? Vad kan vi göra åt det? För att komma till rätta med detta undersöker vi hur, hos en given patient, cancer undkommer antitumörimmunitet genom att kombinera experiment, datavetenskap & bioinformatik och matematisk teori.

Vi välkomnar ansökningar till doktorandplatsen för att gå med i ett tvärvetenskapligt projekt mellan vårt labb och Taku Okazakis labb vid Institutet för kvantitativ biologi vid University of Tokyo (Japan).

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Du kommer att undersöka samspelet mellan tumörcellers transkriptionella heterogenitet, deras kondition och tumörers rumsliga och immuna arkitektur. För att göra det kommer du att analysera encellig RNAseq och spatial transcriptomik data från patienter. Du kommer att utföra encellig RNAseq och spatial transcriptomik på mustumörer. Du kommer att använda bioinformatikverktyg och multivariat statistik för att tolka data samt utveckla maskininlärningsmetoder. För att förklara mönstren som finns i datan kommer du att utveckla matematiska teorier. Slutligen kommer du att använda de insikter som vunnits för att designa behandlingar och testa dem experimentellt in vivo.

Projektplanen innebär flera korta vistelser på 5-6 månader i Taku Okazakis labb vid Institutet för kvantitativ biologi vid University of Tokyo (Japan), för att lära sig och tillämpa några av de tekniker som krävs för det föreslagna målet.

Vad erbjuder vi? 

Spännande vetenskap i ett labb idealiskt placerat för dig att lära dig hur du forskar i gränssnittet mellan experimentell och beräkningsbiologi, inom ett område av direkt medicinsk relevans. SciLifeLab är Sveriges nationella centrum för storskalig molekylär biovetenskap, med stimulerande forskare och toppanläggningar internt. Taku Okazakis labb vid University of Tokyo ligger i framkant när det gäller att avslöja mekanismerna för immunkontroll i sjukdomar som sträcker sig från cancer till autoimmunitet. Både Tokyo och Stockholm är bland de mest inspirerande och spännande städerna i i världen. 

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön. Du får också träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Krav:

- kvantitativ bakgrund i multivariatkalkyl, linjär algebra, differentialekvationer, dynamisk systemteori, sannolikhetsteori på nivå med en masterutbildning inom beräkningsbiologi, fysik eller ingenjörsvetenskap.

- en god laganda, självmotivation och ett intresse för att upptäcka kvantitativa principer inom cancer och immunologi.

- R- och Python-programmering, förtrogenhet med Linux-miljön.

- intresse för att utföra experiment in vitro och in vivo.

- god kommunikationsförmåga på engelska (skriftligt och muntligt).

- vilja att spendera en betydande del av doktorandtiden i Tokyo, Japan

Önskvärt:

- tidigare erfarenhet av multivariat statistik, Bayesiansk statistik, matematisk modellering, encells- eller rumslig genuttrycksdata

- bakgrund inom cancerbiologi och immunologi, tidigare erfarenhet av att utföra experiment på celler

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet