Doktorandplats inom kromatintopologi och bioinformatik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

The Baranello Lab: Utifrån vår ämnesexpertis inom topoisomeras-funktion och cancerbiologi, ämnar vi att svara på grundläggande frågor om hur transkription, replikation och DNA-topologi är funktionellt koordinerade i mänskliga celler. Vi använder oss av de senaste metoderna för att bedöma transkriptom-, epigenom- och replisom-profiler, samt bioinformatik, mikroskopi och läkemedels-screening för att förstå hur topoisomeras-reglering påverkar grundläggande processer i cellkärnan (huvudreferenser: Baranello et al. Cell 2016; Wiegard et al. Molecular Cell 2021; Das et al. Molecular Cell 2022). Det övergripande målet är att avslöja nya cancerspecifika processer, och utveckla nya mer specifika anti-cancer strategier med färre biverkningar.

Vi är ett dynamiskt forskarteam med ett väletablerat samarbetsnätverk. Gruppen är också knuten till Dr. Levens laboratorium vid National Institutes of Health i USA och Prof. Shirahiges laboratorium vid Institute for Quantitative Biology (IQB), the University of Tokyo, Japan. Den utvalda sökanden kommer således att ingå i flera nätverk av internationellt erkända forskare. Gruppen är placerad i Biomedicum, en toppmodern forskningsbyggnad som hyser forskare inom ett stort antal områden, och ger tillgång till toppmodern infrastruktur och faciliteter.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Topoisomeraser är viktiga enzymer som reglerar DNAts topologi vilket gynnar replikation och transkription genom att klyva och återförsluta DNA-strängar. Eftersom cancerceller är mer proliferativa än normala celler,  är de senare starkt beroende av topoisomerasernas aktivitet. Därför kan läkemedels-strategier som inriktar sig på topoisomeraser utgöra ett sätt att selektivt hämma cancerceller.

Fokus för forskningsprojektet är att förstå hur topoisomeraser regleras under transkription och kromosom-veckning för att utveckla nya strateger för att påverka dessa regleringsmekanismer och därigenom cancercellers livscykel. Nya bevis visar att topoisomeraser utför sin funktion genom interaktioner med partnerproteiner som modulerar deras transkriptions aktivitet (Baranello et al. Cell 2016; Das et al. Molecular Cell 2022). Vi kommer att använda biokemiska och molekylärbiologiska tillvägagångssätt, DNA- och RNA-sekvensering och CRISPR-baserad genom-redigering för att undersöka hur kromosom-dynamiken i mänskliga cellkärnor styr topoisomeras-aktivitet. Projektplanen innebär flera korta vistelser på 5-6 månader i Prof. Shirahiges lab vid IQB för att lära sig och tillämpa några av de tekniker som krävs för det föreslagna målet. Resultatet av doktorandarbetet kommer att avslöja vägen mot en ny strategi för att påverka topoisomerasernas aktivitet under cancerterapi.

Projektet är en kombination av praktiska laborationer och beräkningsanalys (programmering i R och/eller Python). I doktorandutbildningen ingår även närvaro vid seminarier, kurser och konferenser. Doktoranden ska planera och genomföra experiment, analysera data, tolka och presentera resultaten samt skriva vetenskapliga artiklar, initialt under handledning men med större självständighet under projektets gång.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön. Du får också träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

 Vi söker en nyfiken, mycket motiverad och kreativ doktorand med en stark bakgrund inom transkriptionsreglering, topoisomeraser och DNA-topologi, med intresse för att lära sig programmeringsspråk för att analysera next-generation sekvenseringsdata. Kandidaten ska ha en god samarbetsförmåga och ett stort intresse för att lösa intrikata vetenskapliga frågor inom kromatinbiologi. Erfarenhet med däggdjurscellkulturer, proteinbiokemi, topoisomerasanalys, next-generation sekvensering och storskalig bioinformatikanalys ses som en fördel. Den idealiska sökande har tillbringat en del av sin utbildning i främmande land och bidragit med internationell erfarenhet till laboratoriet. Utmärkt kommunikationsförmåga (på engelska skriftligt och muntligt) krävs.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

--[Video om Karolinska Institutet, hur vi alla bidrar till en bättre hälsa för alla] ---

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett kort motiveringsbrev som anger anledningen till att kandidaten är intresserad av detta projekt och att gå med i Baranello/Shirahige-grupperna (inte mer än en halv A4 sida, typsnitt 12)
- Curriculum vitae och publikationer
- En sammanfattning av nuvarande och tidigare examensarbeten (inte mer än en halv A4 sida, typsnitt 12)
- Kontaktuppgifter till två referenspersoner
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet