Doktorand inom avancerad innovation och validering av neuroimagingverktyg

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Institutionen för klinisk neurovetenskap söker en doktorand till Tobias Granbergs forskargrupp – en specialiserad, tvärvetenskaplig grupp med cirka 30 medlemmar, inriktad på avancerade neuroimaging-applikationer. Gruppen förenar klinisk och experimentell expertis från neuroradiologer, neurologer, MR-fysiker, röntgensjuksköterskor och dataanalytiker, och bildar därmed ett dynamiskt och interdisciplinärt team. Vi samarbetar nära med flera avdelningar vid Karolinska Institutet och Karolinska Universitetssjukhuset, vilka tillför ovärderlig praktisk erfarenhet och specialkunskap till våra projekt.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Doktoranden kommer att bidra till utvecklingen av avancerade neuroimaging-metoder för att studera neurodegenerativa och neuroinflammatoriska sjukdomar genom integration av avancerade MR-tekniker, storskalig dataanalys och tillämpning av maskininlärning. Arbetsuppgifterna inkluderar att samla in, kurera och bearbeta multimodala MR-datamängder, implementera segmenterings- och kvantitativa analysflöden samt validera bildbaserade biomarkörer mot etablerade kliniska mått. Du kommer att använda specialiserad neuroimaging-programvara och statistiska ramverk för att bedöma reproducerbarhet, klinisk relevans och den translationella potentialen hos bildbaserade biomarkörer. Vidare ingår utveckling och optimering av beräkningsmodeller för biomarkörutvinning och prediktion av sjukdomsprogression, med fokus på reproducerbarhet och generaliserbarhet över olika bildsystem och populationer.

Rollen omfattar även ansvar för större bilddatabaser, kvalitetssäkring av data, hantering av säker datainfrastruktur och integration av bildresultat med kliniska och kognitiva data. Doktoranden kommer att samarbeta tvärvetenskapligt med kliniker, fysiker och beräkningsvetare för att omsätta metodologiska framsteg till kliniskt relevanta verktyg. Doktoranden förväntas presentera forskningsresultat vid vetenskapliga konferenser, bidra till manusförfattande samt delta i implementeringen av bildflöden i linje med precisionsmedicinska mål. Under utbildningens gång kommer doktoranden att utveckla expertis inom MR-datainsamling, bildbearbetning, maskininlärning och statistisk modellering, vilket förbereder för en karriär i gränslandet mellan medicinsk bildforskning, data science och klinisk tillämpning.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

(A) och (B) kan endast intygas genom dokumentationskravet för forskarutbildning.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi söker en doktorand med stark erfarenhet av deep learning och neuroimaging relaterad till neuroinflammatoriska och neurodegenerativa sjukdomar. 

Krav

• En masterexamen med inriktning mot maskininlärning
• Minst två års erfarenhet av avancerad vetenskaplig forskning vid en framstående forskningsinstitution
• Bakgrund och kompetens inom neuroradiologi (MRI)
• Erfarenhet av arbete med neuroinflammatoriska och neurodegenerativa sjukdomar samt tillhörande biomarkörer
• Stark beräkningsmässig bakgrund, inklusive expertis inom: docker-miljöer, resursadministration, Python, MATLAB, bildbearbetning, Linux-kommandorad och systemadministration
• Erfarenhet av att tillämpa maskininlärningsflöden på kliniska MR-data, särskilt med algoritmer som:
  (i) Segment Anything Model (SAM)
  (ii) BrainAge-estimering
• Erfarenhet av bearbetning av MR-data med konventionella verktyg, särskilt:
  (i) FreeSurfer
  (ii) SWI/QSM-bearbetningsflöden, inklusive SEPIA
  (iii) Spinal Cord Toolbox
  (iv) Extraktion av kärlformsegenskaper med FRANGI/RORPO-filter
  (v) Myelinavbildning
• Erfarenhet av att optimera susceptibility-weighted imaging för kliniska 7 T MRI-system, avsedda för kvantitativ susceptibility mapping
• Flytande engelska i tal och skrift

Meriterande

• Bakgrund inom 7 T ex vivo MRI
• Erfarenhet av Linux-serveradministration, nätverkshantering och lagringsadministration över flera platser, inklusive internationella samarbeten och industrikontakter
• Erfarenhet av vetenskapligt skrivande och presentation av forskningsresultat

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Läs mer om Institutionen för klinisk neurovetenskap
Läs mer om forskargruppen du kommer vara en del av

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet!