Doktorandplats inom Bioinformatik för Infektionsforskning - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) på Karolinska Institutet tillkännager möjligheten att ansluta sig till Dr. Tobias Allanders forskarteam som doktorand inom bioinformatik och infektionsforskning. Gruppen har, tillsammans med bihandledarna, sedan 2004 arbetat med infektionsforskning fokuserad på mänskliga virus och parasiter. Ett huvudfokus har varit användning av storskalig metagenomik för att karakterisera det mänskliga virusmikrobiomet och okända virus. Gruppen har producerat viktiga resultat inom området, inklusive upptäckten av flera nya virus och karakterisering av kroniska infektioner.

I parasitprojekten använder vi oss av storskaliga -omics metoder och fokuserar på värd-parasitinteraktioner och hur malariaparasiten Plasmodium falciparum anpassar sig till förändringar i den humana värden och vice versa. Forskningen fokuserar starkt på identifiering av nya genregleringsmekanismer hos parasiten och hur dessa skapar fenotypisk plasticitet, med förhoppning om att generera nya måltavlor för läkemedelsutveckling. Gruppen har lång erfarenhet av användning och utvecklig av bioinformatiska metoder och pipelines för analys av storskaliga genetiska data inom området.

Våra laboratorier är förlagda dels på Klinisk Mikrobiologi, Karolinska Universitetsjukhuset och dels i det nybyggda Biomedicum på Karolinska Institutets campus i Stockholm, Solna. Biomedicum är en ultramodern facilitet för experimentell medicinsk forskning som erbjuder en attraktiv forskningsmiljö med högteknologisk utrustning, forskningsplattformar och corefaciliteter. Biomedicum är hemvist för de fem största biomedicinskt forskningsinriktade institutionerna på Karolinska Institutet och sammanför därför forskningsaktiviteter från olika discipliner nära varandra, vilket skapar unika möjligheter för samarbeten och gränsöverskridande forskning.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Doktorandstudierna motsvarar 4 års heltidsstudier. Detta inkluderar laboratoriearbete, kurser, seminarier och presentation av forskningsresultat på möten och konferenser. Andra ansvarsområden inbegriper att anskaffa god litteraturöversikt, statistisk och bioinformatisk analys och skrivande av vetenskapliga manuskript för publicering i referentgranskade tidskrifter.

Det specifika forskningsprogrammet för denna doktorandposition fokuserar på design och utveckling av bioinformatiska metoder och pipelines för analys av data relaterade till virus- och parasitinfektioner. I virusdelen av projektet kommer doktoranden att arbeta med pipelines för analys av metagenomiska data för virusanalys, metoder för att hitta okända virus med hjälp av analys av proteinfamiljer och med lärandealgoritmer, samt metoder för att typa variabla kroniska virus. Parasitdelen av projektet kommer att fokusera på hur malariaparasiter interagerar med värden och blir resistenta mot olika läkemedelsmolekyler. I detta arbete kommer doktoranden genomföra genom-vida analyser av parasiters DNA, RNA, proteiner och metaboliter. Doktoranden kommer även delta i analyser av RNA-proteininteraktioner och posttranskriptionella modifieringar och utvecklingar av nya bioinformatisk verktyg och metoder.

Doktoranden förväntas vara starkt involverad i design, implementering, analys och tolkning av forskningen och samarbeta med andra medlemmar av teamet, både inom och utanför labbet.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön. Du får också träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi söker en entusiastisk och starkt motiverad kandidat som har examen i bioinformatik eller liknande. Kunskap och erfarenhet från tidigare forskning på infektionssjukdomar är ett krav. Erfarenhet av metagenomiska data från humana mikrobiom är också obligatoriskt. Den ideala kandidaten är också noggrann, ärlig, perceptiv, och lyhörd. Den sökande kommer vara delaktig i projekt som involverar samarbetspartners både inom och utanför laboratoriet och från andra länder och således är god samarbetsförmåga och utmärkta kunskaper i engelska språket krav för tjänsten.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet