Doktorandplats inom forskning om Photon-Counting Computed Tomography

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Avdelningen för Neuro på Institutionen för klinisk neurovetenskap söker en doktorand till Tobias Granbergs forskargrupp, en specialiserad multidisciplinär grupp med fokus på avancerade tillämpningar inom neuroimaging och består av cirka 30 medlemmar. Gruppen kombinerar klinisk och experimentell expertis från neuroradiologer, neurologer, MRI-fysiker och dataforskare, vilket skapar ett dynamiskt och tvärvetenskapligt team. Vi samarbetar nära med flera avdelningar vid Karolinska Institutet och Karolinska Universitetssjukhuset, som alla bidrar med ovärderlig praktisk erfarenhet och specialiserad kunskap till våra projekt.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Doktorandprojektet kommer att undersöka potentialen hos Photon-Counting Computed Tomography (PCCT) inom neuroimaging, särskilt som ett alternativ till magnetisk resonanstomografi (MRI) för volymetrisk analys av hjärnan i populationer där tillgången till MRI kan vara begränsad. Projektet kommer att utvärdera noggrannhet, variabilitet och klinisk relevans hos CT-baserade volymetriska tekniker i jämförelse med MRI-standarder, med fokus på centrala hjärnstrukturer såsom grå substans, vit substans och intrakraniella volymer. Genom en kombination av atlasbaserade och djupinlärningsmetoder, som CTseg och SynthSeg, syftar studien till att validera PCCT effektivitet inom neuroanatomisk segmentering, och potentiellt erbjuda en kostnadseffektiv lösning för utbredd klinisk användning. Projektet syftar till att utveckla en maskininlärningsbaserad volymetrisk analysmetod anpassad för PCCT, särskilt utformad för integration i kliniska arbetsflöden för att förbättra tillgänglighet och precision i neuroanatomiska diagnostik.

Doktoranden kommer att ansvara för datainsamling, segmenteringsanalys och validering av de volymetriska resultaten mot MRI-baserade data, genom användning av specialiserad programvara såsom FreeSurfer, SPM12 och avancerade maskininlärningsmodeller för bildanalys. De kommer att hantera ett dicom-bibliotek och en databas, stödja nätverks- och företagskopplingar, tolka volymetriska resultat, utforska samband med kognitiva poäng och stödja en smidig design för den kliniska användbarheten av PCCT-baserade tekniker. Vidare kommer studenten att bidra till tvärvetenskapliga kliniska diskussioner, presentera resultat i vetenskapliga forum och arbeta för implementeringen av PCCT i kliniska arbetsflöden under handledarnas vägledning. Projektet syftar till att förbättra diagnostisk tillgänglighet och noggrannhet, särskilt för patienter som behöver neuroimaging-undersökningar.

Vad erbjuder vi? 

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

1. har avlagt en examen på avancerad nivå (magister- eller masterexamen), eller
2. har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
3. har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Följ instruktionerna på webbsidan Behörighet till utbildning på forskarnivå.

*Om du anser dig ha motsvarande kunskaper ska du följa instruktionerna på webbsidan Bedömning av motsvarande kunskaper för grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå.

B) Särskilt behörighetskrav

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Följ instruktionerna på webbsidan English language requirements for doctoral education.

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi söker en doktorand med medicinsk bakgrund och gedigen erfarenhet inom neuroimaging och relaterad forskning. Ideala kandidater bör ha följande kvalifikationer:

• Bakgrund och skicklighet inom neuroradiologi (MRI och PCCT).
• Bakgrund inom maskininlärning och utveckling av multimodala pipelines.
• Erfarenhet av medicinsk programvara och applikationsutveckling.
• Databashantering, särskilt med stark erfarenhet av att skapa och hantera SQL-bibliotek genom att länka dicom-metadata med neuroradiologiska/kliniska data från svenska register.
• Hög grad av erfarenhet av arbete med dicom-metadata och extrahering av dicom-taggar för att sortera och genomföra kvalitetskontroll av storskaliga kliniska data från verkligheten.
• Organisering av neuroimaging-data i ett dynamiskt BIDs-format.
• Särskild hänsyn ges till kandidater med medicinsk/klinisk bakgrund på grund av projektets tvärvetenskapliga natur och slutmålet att implementera verktyget i en klinisk miljö.
• Erfarenhet av Linux-serverhantering och goda kunskaper i kommandorad, nätverksunderhåll samt administration av nätverksbaserad lagring över flera platser, inklusive samarbete med industriella partners.
• Starka kunskaper i beräkningsbearbetning, inklusive expertis i: docker-miljöer, resursoptimering, python, bildbehandling, Linux-kommandorad och OS-administration.
• Mycket goda kunskaper i engelska, både i skrift och tal.

Villkor

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Ansökan

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae 
- Eventuella examensarbeten och publikationer 
- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper 
- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)
- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet
- Analytisk skicklighet
- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning  

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

Läs mer om Institutionen för klinisk neurovetenskap
Läs mer om forskargruppen du kommer att ingå i

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet!